Un nouveau Digimon doté de supers pouvoirs sort de son œuf et commence à absorber toutes sortes de données digitales à un rythme effréné. Ce Digimon de l'Internet évolue bientôt vers son milieu, Diabormon, et finit par maîtriser tous les moyens de communication de notre planète. Il prépare alors une explosion nucléaire au Japon. Le temps presse et seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau héros Digimon baptisé Omnimon, peuvent empêcher ce désastre à grande échelle. Dans une deuxième aventure, un des plus fervents supporters des digi-élus est un jeune Américain nommé Wallace, par ailleurs compagnon de jumeaux Digimon. Cependant, le combat qui fait rage sur le Web finit par le séparer de l'un de ses amis.
Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?
Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?
En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux, apparaît, prétendant être le premier humain à s’associer avec un Digimon-Ukkomon. Rui aurait-il vraiment pu être le premier DigiDestined ?
Un an après les événements de la première saison, un Digimon virus appelé Diaboromon apparaît et commence à attaquer Internet. Les enfants et leurs Digimon s'unissent à nouveau pour l'empêcher de détruire tous les réseaux de communication de la planète.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.
Diaboromon fait un retour sur le Net, et les Digi-sauveurs sont appelés à agir, ignorant que Diaboromon a encore quelques tours dans sa manche depuis leur dernière rencontre.
Le monde a commencé à s'effondrer. Le déchaîné Meicoomon absorbe Tailmon, qui a subi une sombre évolution, et se transforme en l'immensément puissant Ordinemon. Conformément aux prévisions d'Yggdrasil, le monde réel est sur le point d'être englouti par le monde numérique. Pendant ce temps, l'homéostasie considère qu'Ordinemon est hors de contrôle et met en place son plan final qui englobera le monde réel. Le temps est venu pour les DigiDestinés de prendre une décision finale. Quel avenir choisiront-ils pour eux-mêmes ?
Deux enfants reçoivent un œuf étrange qui va faire naitre leur tout premier Digimon, conduisant à la nuit qui allait changer leur vie à jamais.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...
Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !
L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…
Afin de progresser, Son Goku demande à Kamé Sennin s'il peut être son disciple. Peu de temps après, un prénommé Krilin fait son apparition auprès du maître et lui fait la même demande. Kamé Sennin annonce alors qu'il acceptera de les prendre comme élèves s'ils leur ramènent la princesse endormie du château du démon. Krilin et Son Goku se lancent dans une aventure au cours de laquelle va naître une amitié des plus fortes…
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Durant les vacances d'été, Yusuke et Kuwabara continuent de pratiquer leur activité préférée : se battre. Mais leurs vacances tournent court lorsque Botan arrive et leur annonce que Koenma a été kidnappé. Les ravisseurs exigent en échange le Sceau d'or, un Sceau dont la puissance est telle, que même le grand Enma ne peut pas s'y opposer. Yusuke, Kuwabara, et tous les autres partent donc libérer Koenma avant qu'il ne soit jeté dans la lave.
Avatar Aang, le dernier Maître de l'Air, apprend l'existence d'un pouvoir ancestral qui pourrait sauver sa culture. Avec ses amis, il se lance dans une quête mondiale pour le trouver avant qu'il ne tombe entre de mauvaises mains.
Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !
La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "L'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom.
Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses.
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