Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Natsuki Hanae
Taichi Yagami (voice)
Yoshimasa Hosoya
Yamato 'Matt' Ishida (voice)
Mao Ichimichi
Hikari Yagami (voice)
Suzuko Mimori
Sora Takenouchi (voice)
Jun'ya Enoki
Takeru 'T.K.' Takaishi (voice)
Mutsumi Tamura
Koushiro 'Izzy' Izumi (voice)
吉田仁美
Mimi Tachikawa (voice)
池田純矢
Joe Kido (voice)
坂本千夏
Agumon / WarGreymon (voice)
山田きのこ
Palmon (voice)
山口眞弓
Gabumon / MetalGarurumon (voice)
松本美和
Patamon / Angemon / MagnaAngemon / Seraphimon (voice)
