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Aoyama est un jeune génie du foot qui joue en milieu de terrain dans l’équipe nationale du Japon des moins de 16 ans. Mais ce garçon est un maniaque de la propreté, au point d’en être un véritable TOC : ses vêtements sont toujours parfaitement lavés, il met des gants pour faire une touche ou refuse de serrer la main transpirante de ses équipiers. Ainsi, son style de jeu s’est adapté à ses manies et déconcerte bien souvent ses adversaires…

L’hiver de son année de troisième, alors que Kiyomizu Minato rentre chez lui après avoir remporté un tournoi national de water-polo, un accident de voiture le plonge dans le coma. Lorsqu’il se réveille enfin 203 jours plus tard, il n’a plus aucun souvenir des trois dernières années. Il entre au lycée Yamanami dans l’espoir d’entamer une nouvelle vie loin du water-polo, mais suite à une promesse, il va replonger dans ce sport avec ses nouveaux amis. Malheureusement, le club de ce lycée est petit et bien des difficultés les attendent…

Sora Kurumatani a tous les atouts pour réussir dans sa passion : le basketball ! Il est très agile, rapide, possède un excellent sens du jeu, est bon aux shoots, dribleur, passeur… Sora n’a qu’un défaut : il est petit ! Trop petit pour intégrer le club de son lycée ? C’est à voir. Car le club de basket est formé de têtes brûlées bien peu motivées par le sport. Sans avoir donc la carrure d’un champion, ou le charisme d’un dunkeur, Sora va tout mettre en œuvre pour reconstituer une équipe digne de ce nom et partir à la conquête… d’une première victoire.

Free! nous entraîne dans la vie de quatre lycéens passionnés de natation et se connaissant depuis l'école primaire.

Kenji Gion est un élève qui vit son premier jour au lycée de la préfecture de Kanagawa. Lors d'un match de rugby, il fera la rencontre du grand et discret Sumiaki Iwashimizu, tout le contraire de Kenji qui est petit et impulsif. Ils deviendront amis grâce à leur intérêt pour le rugby et rejoindront rapidement le club du lycée consacré à ce sport. Comment s'en sortiront nos deux héros avec leurs particularités ?

Le lycée Kitauji avait un club de musique de haut niveau, mais il est tombé en désuétude quand son responsable est parti. En attendant, avec ses camarades de classe Hazuki et Sapphire, Kumiko Ômae vient observer un club de fanfare. Kumiko joue de l'euphonium et elle se laisserait bien entraîner dans cette aventure, mais quand elle croise Reina, une ancienne camarade de classe, elle hésite. Un incident avec Reina, durant un concours de musique, est resté gravé dans ses souvenirs…

Hasegawa Kodaka est un étudiant souvent transféré d'école en école qui a du mal à se faire des amis et à nouer une quelconque relation. Ses cheveux blonds ne l'aident pas dans sa tache car les gens ont tendance à le prendre pour un délinquant. Un jour il rencontre Yozora, une camarade de classe solitaire avec un sale caractère, alors qu'elle parlait avec entrain à son ami imaginaire, Tomo. Conscients qu'aucun d'eux n'ont d'amis réels, ils décident que la meilleure façon de changer cette situation est de former un club et de commencer le recrutement. C'est ainsi que le « Rinjinbu » fut formé, un club spécialement conçu pour les personnes qui n'ont pas d'amis. Le club se remplit lentement mais surement, ils vont essayer de construire des liens à travers des activités. Mais ce groupe de marginaux va-t-il réussir à s'entendre ?

Entraîneur du club de badminton du lycée de Kitakomachi, Kentarô Tachibana est inquiet : son équipe compte si peu de membres qu'elle ne peut même pas participer à des compétitions. Il tombe pourtant sur Ayano Hanesaki, une lycéenne qui grimpe aux arbres avec une étonnante agilité. Il tente alors de la convaincre de rejoindre son club, mais Ayano déteste le badminton…

Le club de tennis du lycée est sur le point de fermer ! Qu’à cela ne tienne, Tôma Shinjô demande à Maki Katsuragi, un jeune prometteur, de rejoindre l’équipe afin de participer au championnat d’été. Ce dernier accepte, à la condition d’être rémunéré…

Les familles Kitamura et Tsukishima sont proches depuis de longues années, tout comme leurs enfants Kou et Wakaba qui sont nés le même jour dans le même hôpital. Mais la mort de Wakaba est une tragédie pour sa sœur, Aoba, qui finit par détester Kou. Des années plus tard, Kou et Aoba entrent au lycée. Les amis de Kou, qui est un très bon batteur et lanceur, le forcent à disputer un match contre l'équipe d'Aoba. Quelques jours plus tard, un nouvel entraîneur arrive dans le lycée avec un très bon joueur, Yuhei Azuma. Le nouvel entraîneur et le remplaçant du directeur ne sont là que pour se faire de l'argent.

Le joueur de badminton Taiki a toujours admiré de loin la star du basket Chinatsu. Jusqu'à un beau jour de printemps, où la vie les rapproche de façon inattendue.

Dans le club de recherche culturel se trouve cinq étudiants, Taichî Yaegashi, Iori Nagase, Himeko Inaba, Yui Kiriyama et Yoshifumi Aoki. Alors que tout semble aller pour le mieux entre eux, ils sont soudainement victimes d'un étrange phénomène : ils s'échangent leurs corps de manière totalement aléatoire. Ce qui s'avérait être un jeu amusant au tout début, détériore peu à peu leurs relations et les amènent à se poser des questions sur la connaissance de soi...

Malgré son petit gabarit, Hinomaru Ushio est venu frapper à la porte du club de sumo du lycée Ôdachi. Dans ce sport où les qualificatifs sont plutôt « gros » et « lourd », Hinomaru n'a pas vraiment le profil requis. Pourtant, il surprend tout le monde ! Grâce à lui, ce petit club de sumo réputé le plus mauvais vise désormais le sommet, cherchant à atteindre le plus haut rang de la discipline.

Quatre collégiennes se sont approprié l’ancienne salle d’un club de cérémonie du thé. Elles se réunissent pour les activités de leur propre club... dédié à la détente ! Une occupation qui ne plaît pas aux élèves les plus anciennes…

Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

Shôyô Hinata, surnommé Shô, aime plus que tout jouer au volley-ball et ce, malgré sa petite taille. Malheureusement, suite à une sévère défaite, son club de collège a été dissous, tous les membres étant partis. Mais Shô est bien décidé à jouer de nouveau et choisit son futur lycée en fonction de son ambition. Il intègre donc le lycée Karasuno, où a joué son idole, le Petit Géant, tout en espérant faire aussi bien que lui.

Des étudiants s'entraînent pour participer à la plus grande course de relais universitaire du Japon. Véritable marathon, long de plus de quelque 217 kilomètres, cette épreuve mythique se déroule entre Tokyo et la ville de Hakone.

Jeune lycéen désabusé, Hôtarô Oreki aspire à mener une vie paisible, loin du tumulte quotidien de son établissement. Sur demande de sa sœur aînée et nourrissant l’espoir d’y trouver un havre de paix, Hôtarô rejoint le club de littérature classique afin d’empêcher sa dissolution, faute de membres. C’est alors qu’il fait la connaissance d’Eru Chitanda, une jeune étudiante pleine d’entrain et d’énergie, dont la curiosité sans bornes l’amène à enquêter sur de multiples affaires.

Trois camarades de classe aiment se lancer des défis à travers des jeux simples. La première est très douée, mais elle déteste ce genre de jeu à force de perdre contre sa grande sœur qui lui refile ainsi toutes ses corvées. La seconde est Américaine, elle a grandi au Japon, mais elle prétend être mauvaise en japonais ce qui la défavorise. La troisième aime observer ces jeux. De toute façon, elle perd tout le temps !

Lorsqu'il était au collège, Minato Narumiya faisait du tir à l'arc (kyûdô, en japonais), mais un incident l'a poussé à arrêter définitivement cette activité. Arrivé au lycée, ses amis d'enfance tentent de le convaincre de rejoindre leur club, mais c'est une rencontre avec un mystérieux archer qui le décidera à revenir. Il intègre alors le club du lycée qui ambitionne de remporter le tournoi préfectoral...