Takezo, est le dernier élève du club de Koto (instrument à cordes japonais) de son lycée. Le club risque la fermeture s'il ne trouve pas de nouveaux membres. Un jour, un élève du nom de Kudo Chika, débarque dans le club et demande à s'inscrire. Le souci ? C'est un délinquant notoire dont même les élèves d'autres écoles connaissent la réputation…
Sora Kurumatani a tous les atouts pour réussir dans sa passion : le basketball ! Il est très agile, rapide, possède un excellent sens du jeu, est bon aux shoots, dribleur, passeur… Sora n’a qu’un défaut : il est petit ! Trop petit pour intégrer le club de son lycée ? C’est à voir. Car le club de basket est formé de têtes brûlées bien peu motivées par le sport. Sans avoir donc la carrure d’un champion, ou le charisme d’un dunkeur, Sora va tout mettre en œuvre pour reconstituer une équipe digne de ce nom et partir à la conquête… d’une première victoire.
Le club de tennis du lycée est sur le point de fermer ! Qu’à cela ne tienne, Tôma Shinjô demande à Maki Katsuragi, un jeune prometteur, de rejoindre l’équipe afin de participer au championnat d’été. Ce dernier accepte, à la condition d’être rémunéré…
Enfant, Chihaya n'aspirait qu'à voir sa sœur réaliser son rêve : devenir une idole. Cependant, en faisant la connaissance d'un de ses camarades de classe nommé Arata, cette dernière se découvre une passion pour le karuta : un jeu de cartes nécessitant de retenir des poèmes par cœur. Dans un premier temps jaloux de l'admiration que porte Chihaya à Arata, son ami d'enfance Taichi finit par accepter de former un trio pour s'entraîner au jeu. Malheureusement, un concours de circonstances leur fait choisir à chacun des chemins différents pour leurs études. Aujourd'hui lycéenne, Chihaya continue de jouer au karuta dans l'espoir de recroiser un jour la route de celui qui lui a communiqué son amour du jeu.
Des étudiants s'entraînent pour participer à la plus grande course de relais universitaire du Japon. Véritable marathon, long de plus de quelque 217 kilomètres, cette épreuve mythique se déroule entre Tokyo et la ville de Hakone.
Ashito Aoi vit dans la préfecture d’Ehime, dans le sud du Japon. Il est le meilleur joueur d'un club de football ordinaire. Le jour où ils perdent le tournoi intercollèges, Ashito croise la route d’un homme qui l’a observé. C’est Tatsuya Fukuda, l'entraîneur des jeunes de la J-League du Tokyo City Esperion FC. À la recherche de talents pour constituer la meilleure équipe du monde, il propose à Ashito de le rejoindre à Tokyo.
Automne 2007, un mois avant le festival du lycée, Haruki Kitahara voit se décomposer le club de musique dans lequel il était guitariste remplaçant. Comme un chant du cygne, il entame un dernier morceau à la guitare. À ses dernières notes se mêlent alors celles du piano de la salle voisine, puis une voix féminine mélodieuse.
Le lycée Kitauji avait un club de musique de haut niveau, mais il est tombé en désuétude quand son responsable est parti. En attendant, avec ses camarades de classe Hazuki et Sapphire, Kumiko Ômae vient observer un club de fanfare. Kumiko joue de l'euphonium et elle se laisserait bien entraîner dans cette aventure, mais quand elle croise Reina, une ancienne camarade de classe, elle hésite. Un incident avec Reina, durant un concours de musique, est resté gravé dans ses souvenirs…
Lorsqu'il était au collège, Minato Narumiya faisait du tir à l'arc (kyûdô, en japonais), mais un incident l'a poussé à arrêter définitivement cette activité. Arrivé au lycée, ses amis d'enfance tentent de le convaincre de rejoindre leur club, mais c'est une rencontre avec un mystérieux archer qui le décidera à revenir. Il intègre alors le club du lycée qui ambitionne de remporter le tournoi préfectoral...
Alors que Kai grandit en jouant sur un vieux piano oublié dans les bois, Shuhei admire son père, pianiste célèbre. Leur rencontre fortuite bouscule leur vie, et leur art.
Yusuke Urameshi est un voyou de 14 ans qui meurt en sauvant un petit garçon. On lui propose alors de revenir à la vie mais à certaines conditions. Quand il ressuscite, il devient un détective du monde spirituel et doit alors chasser les démons qui viennent faire le mal dans le monde des humains.
Matsugorô Sawamura était un joueur de shamisen au talent légendaire. À sa mort, son petit-fils, Setsu Sawamura, a perdu sa capacité à jouer. Ne parvenant pas à retrouver le rythme et la mélodie qu'il aimait, Setsu se rend à Tokyo à la recherche d'une nouvelle inspiration. Yuna Tachimura l’invite à rejoindre le club de shamisen de son lycée afin de poursuivre son entraînement. Toujours à la recherche du son qui fera vibrer son âme, Setsu imprègne sa musique de ses sentiments...
À la fin de ses études universitaires, Rikuo Uozumi, un garçon sans réelle ambition dans la vie, a trouvé un petit job dans un combini, une petite supérette ouverte 24h/24, très populaire au Japon. Les jours se suivent et se ressemblent pour Rikuo jusqu'à sa rencontre avec son ancienne petite amie et camarade de classe mais surtout avec la troublante Haru Nonaka, toujours accompagnée de son fidèle corbeau…
Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…
Les années collège dans la ville de Kawagoe ! Kôtarô travaille dans une librairie et il aimerait devenir écrivain. Akane est une jeune fille pleine d’énergie qui adore courir. Ils se retrouvent tous les deux dans la même classe et doivent s’occuper des équipements d’un festival de sport. Une relation naît doucement, malgré leurs caractères opposés, notamment à travers les nombreux échanges qu’ils ont sur LINE, un logiciel de discussion.
Makoto Tsukimito (surnommé Smile) est un lycéen calme, lié d'amitié avec l'énergique Yukata Hoshino (surnommé Peco) depuis son enfance. Ils sont tous les deux membres du club de Ping Pong local et possèdent tous deux un talent naturel pour ce dernier. Cependant, la personnalité de Smile l'empêche toujours de gagner contre Peco. Le professeur supervisant le club remarque le talent de Smile, et tente de lui faire gagner un peu de ténacité sportive.
L'histoire commence dans un lycée où Makoto Ito est tombé amoureux d'une fille Kotonoha Katsura. Il la voit tous les jours dans le même train qu'ils prennent pour aller au lycée. Sekai Saionji, une amie qui est dans la même classe que Makoto, lui propose de l'aider, malgré ses sentiments pour lui...
« Ce jour-là, je l’ai vue de mes propres yeux. De la neige tombait à Okinawa, dans le sud du Japon… » Un jeune lycéen en première mordu de skate nommé Reki est passionné par la course « S » qui se déroule dans une vieille mine abandonnée. C’est une course dangereuse tenue dans le plus grand secret où tous les coups sont permis, et les duels qui s’y déroulent sont très appréciés du public.
Après avoir vécu une expérience traumatisante, Kobato souhaite devenir un simple citoyen honnête et ordinaire. Il conclut un pacte avec Osanai, une camarade de classe qui poursuit le même objectif. Tous les deux prévoient d'entrer au lycée en menant une vie tranquille, sans histoire. Cependant, ils sont régulièrement impliqués dans des événements étranges ou des catastrophes qui se produisent autour d'eux.
Yosuga no Sora raconte l'histoire des jumeaux Haruka et Sora Kasugano devenus orphelins après la mort de leurs parents dans un accident de voiture. Ils décident donc de tout recommencer dans leur maison secondaire située dans des montages japonaises, là où ils ont passé leurs vacances étant plus jeunes. Beaucoup d'années se sont écoulées depuis. Comment les deux personnages principaux et leurs anciennes connaissances vont elles réagir à ces retrouvailles ? Une longue route les attend. Sora Kasugano saura t-elle faire confiance à d'autres personnes que son frère, pour qui elle éprouve beaucoup d'amour ?
