Free! nous entraîne dans la vie de quatre lycéens passionnés de natation et se connaissant depuis l'école primaire.
Après avoir battu les champions en titre de Hakone, le club de cyclisme de Sôhoku se réorganise. Certains membres en terminale se retirent tandis que les seconde Sakamichi, Shunsuke et Shôkichi préparent une nouvelle équipe avec leur nouveau capitaine. Mais les membres de Hakone sont bien décidés à prendre leur revanche en recrutant également de nouveaux équipiers. D’autres rivaux redoutables les attendent pour cette nouvelle année de compétitions interlycées.
Sora Kurumatani a tous les atouts pour réussir dans sa passion : le basketball ! Il est très agile, rapide, possède un excellent sens du jeu, est bon aux shoots, dribleur, passeur… Sora n’a qu’un défaut : il est petit ! Trop petit pour intégrer le club de son lycée ? C’est à voir. Car le club de basket est formé de têtes brûlées bien peu motivées par le sport. Sans avoir donc la carrure d’un champion, ou le charisme d’un dunkeur, Sora va tout mettre en œuvre pour reconstituer une équipe digne de ce nom et partir à la conquête… d’une première victoire.
Tatsuya Yoigoshi était un joueur de football star connu sous le nom de "Yoigoshi l'imparable", mais lorsqu'il est entré au lycée, il a cessé toute activité sportive. À présent, il a pourtant été invité à rejoindre une drôle de discipline. Dans ce sport par équipe qui s’apparente à un mélange de course et de sport de combat, il faut empêcher l’adversaire d’envahir son terrain. Cette pratique s’appelle… Kabaddi !
Entraîneur du club de badminton du lycée de Kitakomachi, Kentarô Tachibana est inquiet : son équipe compte si peu de membres qu'elle ne peut même pas participer à des compétitions. Il tombe pourtant sur Ayano Hanesaki, une lycéenne qui grimpe aux arbres avec une étonnante agilité. Il tente alors de la convaincre de rejoindre son club, mais Ayano déteste le badminton…
Des étudiants s'entraînent pour participer à la plus grande course de relais universitaire du Japon. Véritable marathon, long de plus de quelque 217 kilomètres, cette épreuve mythique se déroule entre Tokyo et la ville de Hakone.
L’hiver de son année de troisième, alors que Kiyomizu Minato rentre chez lui après avoir remporté un tournoi national de water-polo, un accident de voiture le plonge dans le coma. Lorsqu’il se réveille enfin 203 jours plus tard, il n’a plus aucun souvenir des trois dernières années. Il entre au lycée Yamanami dans l’espoir d’entamer une nouvelle vie loin du water-polo, mais suite à une promesse, il va replonger dans ce sport avec ses nouveaux amis. Malheureusement, le club de ce lycée est petit et bien des difficultés les attendent…
Le club de tennis du lycée est sur le point de fermer ! Qu’à cela ne tienne, Tôma Shinjô demande à Maki Katsuragi, un jeune prometteur, de rejoindre l’équipe afin de participer au championnat d’été. Ce dernier accepte, à la condition d’être rémunéré…
Lorsqu'il était au collège, Minato Narumiya faisait du tir à l'arc (kyûdô, en japonais), mais un incident l'a poussé à arrêter définitivement cette activité. Arrivé au lycée, ses amis d'enfance tentent de le convaincre de rejoindre leur club, mais c'est une rencontre avec un mystérieux archer qui le décidera à revenir. Il intègre alors le club du lycée qui ambitionne de remporter le tournoi préfectoral...
Honoka Kôsaka est bouleversée d'apprendre que son école, l'académie Otonokizaka, va fermer en raison du faible nombre de candidatures. Elle se met en tête de sauver son école et cherche un moyen de lui faire regagner de la popularité. Elle a l'illumination en visitant un lycée voisin : elle va tenter de convaincre ses amies Umi et Kotori de former un groupe de stars scolaires. Elle espère que leur popularité aura des retombées positives sur la renommée de l'académie Otonokizaka et que les demandes d'inscription afflueront.
Raidô est assis juste à côté d'Aharen en classe. Dû à sa petite taille et au fait qu’elle s’exprime peu, la jeune fille semble distante. En réalité, Aharen veut se faire des amis, mais elle a juste du mal à évaluer la bonne distance sociale entre les gens. Contre toute attente, l’imagination débordante de Raidô va finalement aider à les rapprocher…
Enfant, Chihaya n'aspirait qu'à voir sa sœur réaliser son rêve : devenir une idole. Cependant, en faisant la connaissance d'un de ses camarades de classe nommé Arata, cette dernière se découvre une passion pour le karuta : un jeu de cartes nécessitant de retenir des poèmes par cœur. Dans un premier temps jaloux de l'admiration que porte Chihaya à Arata, son ami d'enfance Taichi finit par accepter de former un trio pour s'entraîner au jeu. Malheureusement, un concours de circonstances leur fait choisir à chacun des chemins différents pour leurs études. Aujourd'hui lycéenne, Chihaya continue de jouer au karuta dans l'espoir de recroiser un jour la route de celui qui lui a communiqué son amour du jeu.
Malgré son petit gabarit, Hinomaru Ushio est venu frapper à la porte du club de sumo du lycée Ôdachi. Dans ce sport où les qualificatifs sont plutôt « gros » et « lourd », Hinomaru n'a pas vraiment le profil requis. Pourtant, il surprend tout le monde ! Grâce à lui, ce petit club de sumo réputé le plus mauvais vise désormais le sommet, cherchant à atteindre le plus haut rang de la discipline.
L'escalade est un sport qui sollicite à la fois le corps et l'esprit pour grimper les murs. Jusqu'ici, Konomi Kasahara s'intéressait uniquement à des jeux de réflexion, notamment des puzzles, lorsqu'elle découvre par hasard cette pratique qu'elle perçoit comme un gigantesque puzzle coloré ! Elle se passionne rapidement pour cette discipline et décide de rejoindre le club d'escalade fréquenté par d'autres filles du lycée Hanamiya.
Le lycée Nijigasaki prône la diversité et ses étudiants sont particulièrement libres. Yu Takasaki s'est prise d'une passion pour les idols lycéennes et décide donc de se rendre au club y étant dédié avec son amie Ayumu Uehara.
Le héros de l'histoire se nomme Ryoma Echizen, un japonais qui a vécu de nombreuses années aux États-Unis. Son père, Nanjiro Echizen, connu comme étant le « Samurai », est devenu un grand champion de tennis internationalement reconnu. L'histoire commence alors que Ryoma arrive au Japon et décide de s'inscrire au collège Seishun Gakuen, connu également sous le nom de Seigaku, qui possède une équipe de tennis très compétente.
La danse, c’est une passion ! Tatara est un élève moyen, sans rêve particulier, jusqu’à ce qu’un incident le fasse pénétrer dans le monde fascinant de la danse de salon. « Si je pouvais trouver une passion... » Il plonge dans le monde de la danse, persuadé que ce sera le début d’une nouvelle vie pour lui. Une série animée sur la danse explosive !
Yusuke Urameshi est un voyou de 14 ans qui meurt en sauvant un petit garçon. On lui propose alors de revenir à la vie mais à certaines conditions. Quand il ressuscite, il devient un détective du monde spirituel et doit alors chasser les démons qui viennent faire le mal dans le monde des humains.
L'équipe de baseball du collège Takagi termine sa saison sans une seule victoire. Son lanceur, Eijun Sawamura, a à coeur de prendre sa revanche avec ses coéquipiers, une fois au lycée.
Takezo, est le dernier élève du club de Koto (instrument à cordes japonais) de son lycée. Le club risque la fermeture s'il ne trouve pas de nouveaux membres. Un jour, un élève du nom de Kudo Chika, débarque dans le club et demande à s'inscrire. Le souci ? C'est un délinquant notoire dont même les élèves d'autres écoles connaissent la réputation…
