L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.
En 1860, Niino, un samouraï sans maître, aspire à la gloire, mais, né de père inconnu, il ne peut justifier d'une lignée favorable. Il tente de parvenir à ses fins en se mettant au service d'un clan et de ses alliés, mais ces derniers ambitionnent de tuer un haut dignitaire du Shogunat pour régner à sa place…
Au milieu du XIXe siècle, un rônin s’entraîne tous les jours afin de préserver ses talents de sabreur. Un jour, on lui propose de rejoindre un groupe de mercenaires en mission secrète vers la capitale… Par le réalisateur de Tetsuo : The Iron Man et de Fires on the Plain.
Au XVIIe siècle, Sasahara, samouraï d’un fief vassal du shogun va bientôt prendre sa retraite et confier le rôle de chef de famille à son fils aîné. Féru d’arts martiaux, il a eu deux grandes frustrations dans sa vie : il est guerrier dans l'âme, mais a vécu dans un monde en paix ; et il est dominé par une femme à poigne, issue d’une famille socialement plus élevée que la sienne, qui lui a toujours reproché son manque d’ambition. Alors qu’il s’apprête à ranger définitivement son sabre, sa famille va être mêlée aux intrigues de la cour avant d’être injustement sacrifiée aux intérêts du clan. Sûr de son bon droit, le vieux guerrier sans gloire va choisir la révolte et faire trembler le clan tout entier…
Un groupe d'assassins se réunit pour une mission suicide dans le but de tuer un seigneur cruel.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Ancien samouraï, Yanagida mène une vie modeste avec sa fille à Edo et dédie ses journées au jeu de go avec une dignité qui force le respect. Quand son honneur est bafoué par des accusations calomnieuses, il décide d'utiliser ses talents de stratège pour mener combat et obtenir réparation...
Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant...
Japon 1860. Les samouraïs savent que leur caste va bientôt disparaître. Certains, comme Shimada, se concentrent sur l'enseignement de la "voie du sabre". D'autres intriguent entre partisans de l'Empereur et nostalgiques du Shogun. Les autres se replient sur eux-mêmes, refusant la réalité, et se réfugient dans l'ultra-violence, le nihilisme absolu. C'est le cas du maître dévoyé Ryunosuke Tsukue. Sa botte secrète, la garde "Silence et Regard calme", le transforme en sabreur invincible. Tsukue assassine froidement le grand-père de la douce Omatsu. Lorsqu'il donne son accord pour un match d'exhibition dans son ancienne école d'escrime, la femme de son adversaire, connaissant sa réputation de guerrier imbattable et sanguinaire, le supplie de perdre délibérément le combat, offrant sa vertu en compensation. Ryunosuke accepte son offre mais tue le mari pendant le match…
Takezo, rebaptisé Musashi Miyamoto, est devenu un samouraï hors pair. Depuis des années, il parcourt le pays au gré de ses affrontements dont il sort toujours vainqueur. Le voici désormais à Kyoto pour combattre maître Yoshioka. Dans la grande ville, il retrouve ses deux soupirantes : la vertueuse Otsu, ancienne fiancée de Matahachi, et la jeune Akemi, également courtisée par Yoshioka. Alors que l’affrontement entre les deux hommes est sans cesse repoussé, la violence autour de Musashi ne fait que croître...
Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…
Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...
À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...
Dans le Japon féodal, un groupe de voyageurs est bloqué par la rivière en crue dans une petite auberge de campagne. Parmi eux se trouvent Ihei Misawa, un ronin, samouraï sans maître qui excelle dans l'art du combat, et sa femme Tayo, qui ne vit que pour l'amour de son mari. Après la pluie, Ihei décide d'affronter les maîtres d'armes des dojos de la région en échange d'argent et de nourriture. Pris sous la coupe du seigneur Shigeaki, il devient le maître d'arme de son fief, mais les rivalités sont nombreuses.
Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli…
Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.
Lorsque la brutale guerre de Boshin éclate au Japon, un groupe de condamnés à mort s'unit pour défendre une forteresse contre l'armée impériale.
Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément.
En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. Treize hommes se réunissent pour former un groupe de treize assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille à 1 contre 1000, au nom de la justice et de la liberté.
