L'histoire commence dans un lycée où Makoto Ito est tombé amoureux d'une fille Kotonoha Katsura. Il la voit tous les jours dans le même train qu'ils prennent pour aller au lycée. Sekai Saionji, une amie qui est dans la même classe que Makoto, lui propose de l'aider, malgré ses sentiments pour lui...
Le club de cinéma d'une école de garçons est le théâtre de trois histoires d'amour. Mao et Hisashi s'associent pour un projet, mais ils se sont fait une promesse... Jin, le président du club, et Giichi, un étudiant jaloux, s'affrontent pour mieux se retrouver. Enfin, Shion, un étudiant de première année, rejoint le club à la recherche d'un petit ami et se heurte à un certain Rei qui finit par lui proposer un rendez-vous.
Aoi Nagisa est une jeune fille dont les parents ont été mutés à l'étranger. Elle est donc transférée en cours d'année à Astraea. Cet établissement est composé de trois écoles : St Miatre, St Le Rim et St Spica. En retard dès son jour d'admission, Nagisa tente de couper à travers le parc de la résidence universitaire. Elle tombe par surprise sur une éblouissante étudiante à la chevelure argentée. Alors que cette dernière s'approche et l'enlace pour l'embrasser, Nagisa s'évanouit.
Les années collège dans la ville de Kawagoe ! Kôtarô travaille dans une librairie et il aimerait devenir écrivain. Akane est une jeune fille pleine d’énergie qui adore courir. Ils se retrouvent tous les deux dans la même classe et doivent s’occuper des équipements d’un festival de sport. Une relation naît doucement, malgré leurs caractères opposés, notamment à travers les nombreux échanges qu’ils ont sur LINE, un logiciel de discussion.
Sora Kurumatani a tous les atouts pour réussir dans sa passion : le basketball ! Il est très agile, rapide, possède un excellent sens du jeu, est bon aux shoots, dribleur, passeur… Sora n’a qu’un défaut : il est petit ! Trop petit pour intégrer le club de son lycée ? C’est à voir. Car le club de basket est formé de têtes brûlées bien peu motivées par le sport. Sans avoir donc la carrure d’un champion, ou le charisme d’un dunkeur, Sora va tout mettre en œuvre pour reconstituer une équipe digne de ce nom et partir à la conquête… d’une première victoire.
Tachibana Mei a passé ses 16 ans de vie sans avoir un petit ami ou sans se faire des amis. Un jour, elle blesse le garçon le plus populaire à l'école, Yamato Kurosawa mais, pour une raison inconnue, celui-ci semble bien l'aimer et prétend unilatéralement qu'ils sont amis. En plus de protéger Mei d'un harceleur, il lui donne un baiser.
Yusuke Urameshi est un voyou de 14 ans qui meurt en sauvant un petit garçon. On lui propose alors de revenir à la vie mais à certaines conditions. Quand il ressuscite, il devient un détective du monde spirituel et doit alors chasser les démons qui viennent faire le mal dans le monde des humains.
Un amour sans espoir… un amour douloureux… un amour à sens unique… L’amour est-il véritablement magique ? Hanabi Yasuraoka est en deuxième année au lycée, et désespérément amoureuse de la mauvaise personne. Et elle serait prête à faire n’importe quoi pour être avec elle, quitte à faire du mal à ses proches. Une histoire d’amour à la fois pure et dérangeante.
Après un passé obscur, Yûji Kazami espère trouver une vie de lycéen banal à l’académie Mihama. Mais cette école presque déserte n’a rien d’habituel, et Yûji découvrira que, malgré les apparences, ses occupantes et lui ont bien des choses en commun…
Automne 2007, un mois avant le festival du lycée, Haruki Kitahara voit se décomposer le club de musique dans lequel il était guitariste remplaçant. Comme un chant du cygne, il entame un dernier morceau à la guitare. À ses dernières notes se mêlent alors celles du piano de la salle voisine, puis une voix féminine mélodieuse.
Yosuga no Sora raconte l'histoire des jumeaux Haruka et Sora Kasugano devenus orphelins après la mort de leurs parents dans un accident de voiture. Ils décident donc de tout recommencer dans leur maison secondaire située dans des montages japonaises, là où ils ont passé leurs vacances étant plus jeunes. Beaucoup d'années se sont écoulées depuis. Comment les deux personnages principaux et leurs anciennes connaissances vont elles réagir à ces retrouvailles ? Une longue route les attend. Sora Kasugano saura t-elle faire confiance à d'autres personnes que son frère, pour qui elle éprouve beaucoup d'amour ?
Une rumeur étrange circule dans toutes les écoles du Japon. Dans le vieux bâtiment, une certaine dame prénommée Hanako se trouverait dans la 3e cabine des toilettes des filles du 3e étage. Ceux qui l’invoqueraient verraient un de leurs souhaits se réaliser. Nene Yashiro est une jeune fille fan de superstitions et d’affaires occultes. Elle aimerait bien sortir avec un camarade plus vieux pour qui elle a un faible. Elle décide alors de voir si la légende dit vrai et invoque Hanako. Mais une malédiction s’abat sur elle, et elle se retrouve transformée en poisson.
Lorsqu'il était au collège, Minato Narumiya faisait du tir à l'arc (kyûdô, en japonais), mais un incident l'a poussé à arrêter définitivement cette activité. Arrivé au lycée, ses amis d'enfance tentent de le convaincre de rejoindre leur club, mais c'est une rencontre avec un mystérieux archer qui le décidera à revenir. Il intègre alors le club du lycée qui ambitionne de remporter le tournoi préfectoral...
Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…
Yū Haruna est un jeune homme qui vient tout juste de changer d'établissement scolaire. Du fait de sa timidité, il préfère rester sur son téléphone plutôt que de communiquer avec les autres élèves. Il fera toutefois la rencontre de Fūka Akitsuki, une jeune femme qui ne possède pas de téléphone et qui fascine de nombreuses personnes. Dans le même temps, notre héros a repris contact via Twitter avec son amie d'enfance Koyuki Hinashi qui est désormais devenue une chanteuse à succès. Yū décide d'inviter Fūka à un concert de son amie. C'est ainsi que débute un triangle amoureux qui s'annonce des plus compliqués…
La « Magie » que nous connaissons n'est issue ni des légendes, ni des contes de fées. Elle est devenue une réelle technologie depuis près d'un siècle. Plusieurs pays de ce monde s'opposent dans une course à la formation de « Magiciens ». Tatsuya Shiba est un étudiant sans capacités magiques inscrit au Premier Lycée de Magie ; il y étudie avec sa sœur Miyuki, qui se trouve être la meilleure élève parmi les première années.
Au lycée Fûrin, on n'a pas la moyenne, mais on sait se battre ! Cet établissement a le pire taux de délinquance du pays. Fraîchement débarqué en ville, Haruka Sakura arrive avec l’intention de se mesurer aux meilleurs bagarreurs afin de devenir le meilleur de tous ! Cependant, il découvre rapidement que le lycée a changé depuis quelques années lorsqu’il est confronté à un groupe, Wind Breaker, qui protège la ville…
C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.
Dans un avenir proche, des créatures nommées "Huge" apparaissent sur Terre et menacent de détruire la planète. Dans le but de contrer cette menace, l'humanité met au point une arme nommée CHARM, combinant la science et la magie. Certaines jeunes femmes, que l'on nomme Lily, semblent pouvoir se synchroniser avec cette arme et ainsi l'utiliser à son maximum. L'institut de formation Lily «Garden» a donc été créé dans diverses régions du monde pour protéger et guider les hommes. Ainsi, nous suivons un groupe de jeunes adolescentes se battant pour la suivie de l'humanité.
À l'occasion de la rentrée des classes, deux jeunes filles se croisent sur le quai de la gare. Fumi se rend au lycée de Matsuoka tandis qu’Akira s'apprête à rejoindre le prestigieux établissement de Fujigaya. Ignorant qu'elles partagent un passé commun, elles engagent une conversation.
