Inazuma Eleven: Ares no Tenbin prend place après les événements du premier jeu et se centre sur les trois protagonistes : Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori et Yuuma Nosaka. Cette version alternative se situe après l'Another Episode 27, qui est une version alternative du 27ème épisode de l'anime Inazuma Eleven où les extraterrestres n'ont pas envahi la Terre. L'histoire démarre sur une île où un groupe de garçons passent leurs journées à jouer au football. Un jour, leur club est soudainement fermé et la seul façon de pouvoir le récupérer est de gagner le fameux tournoi du "Football Frontier". Asuto Inamori décide ainsi de quitter son île pour pouvoir rentrer dans le Collège Raimon à Tokyo. Cependant, son premier match est contre le numéro 1 : Seishou Gakuen.

Olivier Atton et sa mère viennent d'emménager dans la ville de Fujisawa. Fan de foot, ce petit prodige fait rapidement la connaissance de Thomas Price, gardien de but hors normes. Au fur et à mesure des matchs, Olivier rencontrera des joueurs avec qui il se liera d'amitié (Ben Becker) et des adversaires talentueux (Mark Landers, Julian Ross, les jumeaux Derrick...). De la Newpie à l'équipe nationale en passant par la New Team, Olivier va devoir battre de nombreux adversaires et apprendre, sur le terrain comme en dehors, de nouvelles techniques. Il peut heureusement compter sur les conseils de Roberto, star du football brésilien, et sur les encouragements de Patty pour surmonter les différents obstacles.

Olivier Atton est un jeune prodige du football japonais. Après avoir emménagé avec sa mère dans une nouvelle ville, il se fait rapidement des amis tous aussi passionnés que lui par le football. Il intègre très vite l'équipe de foot de son école, la Newpie, et en devient le capitaine. L'équipe va être entrainée par Roberto, un célèbre attaquant brésilien qui ne peut plus jouer au foot à cause d'une blessure. Olivier n'a qu'un seul rêve : devenir footballeur professionnel. Il va donc tout faire pour arriver à son but. De son entrée à la Newpie jusqu'à la finale de la Coupe du Monde 2002 en passant par son recrutement au FC Barcelone, Olivier va rencontrer de redoutables adversaires qui, au fil du temps, deviendront des amis très proches.

Durant ses années de collège, Ren Mihashi faisait partie de l'équipe de baseball de son école. Sa position de lanceur était cependant plus ou moins assurée par son statut familial, étant donné que c'est en fait son grand-père qui était le propriétaire de cette école. Pour cette raison, les joueurs de l'équipe l'ont toujours vu comme un joueur ne méritant pas sa place, ou encore la "volant" à certains - de cette manière, il en vint à être détesté de ses coéquipiers, perdant ainsi toute confiance en lui. A son arrivée dans un nouveau lycée, il a en tête de ne plus être un poids pour les autres et ainsi il ne veut pas réintégrer une équipe de baseball, simplement voir l'équipe du lycée jouer. Manque de bol, il se fait attraper près du terrain par la coach de l'équipe Nishiura, et répond naïvement qu'il fut lanceur au collège. L'équipe n'en ayant pas encore, il est automatiquement relégué au numéro 1 et subit déjà une série de tests concluants : malgré une vitesse déplorable, l'attrapeur remarque qu'il est capable de varier ses coups et surtout de les placer de manière remarquablement précise. Sa résolution de ne plus jouer a finalement vite changé, et il est prêt à avoir confiance en cet attrapeur, Takaya Abe, qui est le premier à lui avoir dit qu'il ferait de lui un véritable lanceur.

Kenji Gion est un élève qui vit son premier jour au lycée de la préfecture de Kanagawa. Lors d'un match de rugby, il fera la rencontre du grand et discret Sumiaki Iwashimizu, tout le contraire de Kenji qui est petit et impulsif. Ils deviendront amis grâce à leur intérêt pour le rugby et rejoindront rapidement le club du lycée consacré à ce sport. Comment s'en sortiront nos deux héros avec leurs particularités ?

Les familles Kitamura et Tsukishima sont proches depuis de longues années, tout comme leurs enfants Kou et Wakaba qui sont nés le même jour dans le même hôpital. Mais la mort de Wakaba est une tragédie pour sa sœur, Aoba, qui finit par détester Kou. Des années plus tard, Kou et Aoba entrent au lycée. Les amis de Kou, qui est un très bon batteur et lanceur, le forcent à disputer un match contre l'équipe d'Aoba. Quelques jours plus tard, un nouvel entraîneur arrive dans le lycée avec un très bon joueur, Yuhei Azuma. Le nouvel entraîneur et le remplaçant du directeur ne sont là que pour se faire de l'argent.

Tsubasa est un jeune garçon fan de football. Son rêve ? Devenir le meilleur footballeur au monde ! Nouveau en ville, il va découvrir de nombreux jeunes talents avec qui il pourra progresser et tenter de réaliser son rêve ! Par ailleurs, le jeune joueur peut compter sur Roberto, une star du football brésilien, pour le conseiller et surmonter tous les obstacles ! Assistant à un match improvisé, un joueur va énormément le marquer. Mais qui est ce jeune prodige qui garde les buts comme personne ? Tsubasa réussira-t-il à le surpasser ?

Goro est un jeune garçon fan de Baseball, dont le père est un remplaçant en minor league. Son rêve est de devenir un joueur de baseball professionel. On va donc suivre Goro durant son parcours.

Olive, footballeur de génie, a réalisé la première partie de son rêve : partir au Brésil apprendre le football avec Roberto. Mais la route jusqu'à la coupe du monde est longue… Les coéquipiers d'Olive devront s'entrainer très durement pour hausser leur niveau pour se qualifier et tenter de gagner la coupe du monde de football des moins de 20 ans.

Le joueur de badminton Taiki a toujours admiré de loin la star du basket Chinatsu. Jusqu'à un beau jour de printemps, où la vie les rapproche de façon inattendue.

Théo (Tatsuya) et Kim (Kazuya) sont des frères jumeaux qui s'adorent, mais que tout oppose. Kim est un élève brillant, lanceur vedette de l'équipe de baseball de son lycée. Un bel avenir se dessine devant lui. Théo lui est un élève médiocre et n'a aucune réelle affinité avec le sport. La seule chose qui les rapproche est leur amitié pour leur voisine et amie d'enfance Debbie (Minami), dont-ils sont tous deux secrètement amoureux. Ce triangle amoureux n'empêche pas la bonne entente générale du groupe, mais un événement tragique viendra bouleverser leur univers fragile.

Kakeru Aizawa n’est que l’ombre de son grand frère Suguru, au Lycée. En effet, Suguru est un talentueux joueur qui a même fait parti de l’équipe nationale de football des benjamins. Surnommé jusque là, "Mr. No Goal.", la vie de Kakeru prend un nouveau tournant après un tragique accident.

Une équipe de l'Est de Tokyo est en difficulté dans la ligue de football du Japon, l'East Tokyo-United, ETU. L'équipe qui traverse un moment difficile, se retrouve au bas du tableau, en raison de leur faible niveau de jeu. Avec un ancien passé glorieux, dans le monde du football, une fois que les fans tournent le dos à l'équipe, la fin semble proche. Les entraîneurs sont licenciés, les joueurs sont vendus, et l'équipe tombent dans des divisions plus petites. C'est alors qu'apparait une ancienne star du club : Takeshi Tatsumi, qui prend la place de l'entraineur. Tatsumi n'a qu'un seul but, montrer que le club est le meilleur du Japon, car il est le "Giant Killing".

Clannad présente la vie d'un jeune lycéen, Tomoya Okazaki , qui s'avère être un recalé, également vu par les autres comme un délinquant. Plutôt lassé de sa vie, ses journées s'avèrent être trop monotones, rien qui ne relève le défi de l'intéresser. Il espère donc voir sa vie changer un jour, et fait ainsi la rencontre de Nagisa Furukawa, étudiante dans le même lycée que lui, et qui semble plus mystérieuse qu'elle ne paraît. Ce dernier commence à faire des rêves étranges, peut-être liés à cette rencontre, et ne cesse de rencontrer une à une des filles ayant chacune des personnalités particulières. C'est ainsi que la vie de Tomoya sera bouleversée comme il ne l'aurait jamais imaginé !

Petit-fils du légendaire « Seeker » Overdeath, Noel rêvait de devenir aussi fort que lui. Mais pour l’instant, il n’est qu’un « Talker », une classe de soutien extrêmement faible. En réalisant qu'il ne pourra pas accomplir son rêve seul, Noel utilise alors toutes les ressources à sa disposition pour rassembler et diriger les aventuriers les plus forts du royaume !

Trunks revient une nouvelle fois du futur pour s'entraîner auprès de Goku et Vegeta, mais il disparaît mystérieusement. Un mystérieux personnage nommé « Fu » apparaît ensuite et explique que Trunks est retenu prisonnier dans un endroit entre les Univers, nommé « planète prison », que personne ne semble connaître. Pour s'échapper de cet endroit il faudra réunir les Dragon Balls. Goku et les siens pourront-ils secourir Trunks et s'échapper des planètes prisons ?!

Le jeune Hikaru découvre un jour dans le grenier de son grand-père un goban (plateau de go). L'objet se révèle hanté par un fantôme nommé Saï, ancien professeur de go de l'empereur sous l'ère Heian. Saï se retrouve piégé dans l'esprit d'Hikaru et lui donne peu à peu le goût du go. Se laissant guider dans ses débuts par Saï, Hikaru rencontre et vainc Akira, un jeune prodige. Dès lors, les deux jeunes garçons ne vont cesser de progresser et de se poursuivre.

Sur le domaine Karasumori a été construit un collège où étudient deux jeunes Kekkaishi (maitres de Kekkai, sorte de champ de force) amis depuis leur enfance. Ce domaine, où vivait le seigneur Karasumori il y a 400 ans, a la particularité d'attirer les entités et de leur donner de nouveaux pouvoirs... Yoshimori et Tokine sont les descendants de l'exorciste qui a été appelé il y a très longtemps pour combattre les âmes. Le but secret de Yoshimori est de sceller à jamais le domaine Karasumori afin d'éviter tout autre danger.

Monsuno hurtled through space before man existed. Upon burning through the planet's atmosphere and crashing to Earth, they brought chaos and the extinction of the dinosaurs. Over millions of years, the Monsuno essence slowly disappeared as it dropped deeper and deeper below the planet’s surface, until a scientist named Jeredy Suno at the secret government agency found a way to bring them back and control. He took his research and vanished, but not before he left his only son a special gift.

Le Campione, ou Godslayer, possède des pouvoirs lui permettant de tuer un être céleste, ou même un Dieu. Il est en mesure de s'imposer parmi les mortels, de les dominer. En cela, il peut représenter le chef suprême, tout comme il peut constituer une menace. Godou Kusanagi, 16 ans, est un lycéen qui s'est vu contraint d'abandonner le baseball suite à une blessure. Lors des vacances de printemps, sa vie sera bouleversée. En effet, certaines circonstances l'ont amené à tuer une divinité, Verethragna. C'est de cette manière que le jeune homme va malgré lui devenir le septième Campione, le plus jeune à ce jour. Il doit alors prendre ses responsabilités et lutter contre les différents problèmes causés par les Dieux…