Suite à l'assassinat de la Reine Malta, Lupin et Jingen infiltrent l'East Doroa dans le but de voler le trésor de Little Comet. Leur mission est un succès jusqu'à ce qu'un tireur d'élite, Yael Okuzaki, arrête Jingen. Un nouvel ennemi se tient devant Lupin et son coéquipier…
Goemon Ishikawa est en quête de vengeance… Un jeune samouraï, Goemon Ishikawa sauve le chef du Tetsuryu-kai d'une attaque sur un navire de jeu au large de la côte d'Izuin au Japon. Peu de temps après, le navire explose tuant le chef de gang. Le responsable est un soldat ayant fait plus de 2 000 victimes au combat, plus connu sous le nom de code « Hawk ». L'inspecteur Zenigata suit sa trace tandis que Goemon se met également à sa recherche en quête de vengeance. Hawk prend pour cible le groupe de Lupin, mais la chute d'un arbre le bloque, révélant un Goemon prêt à en découdre dans un duel sanglant.
Un attentat à la bombe dans un aéroport de l'Union soviétique, un pays de froid extrême. Le suspect s'avère être Lupin III. Cependant, « l'autre Lupin », que Zenigata a coincé, clame son innocence. Zenigata, homme de justice, affronte le mystérieux « faux Lupin ».
Lupin III et ses compagnons se dirigent vers la mer des Bermudes, à la recherche d'une « île mystérieuse » absente de toutes les cartes du monde. Leur objectif : découvrir l'identité du cerveau qui envoie des assassins à leurs trousses, et mettre la main sur son immense trésor. Mais alors qu'ils approchent de leur destination, leur avion est pris pour cible par des snipers et s'écrase sur l'île de la mort.
Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.
Goemon Ishikawa est en quête de vengeance… Un jeune samouraï, Goemon Ishikawa sauve le chef du Tetsuryu-kai d'une attaque sur un navire de jeu au large de la côte d'Izuin au Japon. Peu de temps après, le navire explose tuant le chef de gang. Le responsable est un soldat ayant fait plus de 2 000 victimes au combat, plus connu sous le nom de code « Hawk ». L'inspecteur Zenigata suit sa trace tandis que Goemon se met également à sa recherche en quête de vengeance. Hawk prend pour cible le groupe de Lupin, mais la chute d'un arbre le bloque, révélant un Goemon prêt à en découdre dans un duel sanglant.
Hakodate, région d'Hokkaido. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. La piste mène l'enquête au "vendeur de mort", un Américain d'origine japonaise opérant comme marchand d'armes dans le bassin asiatique. Place à une chasse au trésor épique !
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Alors qu'un artefact connu comme le "sceau du roi" est volé pendant son transport à la Soul Society, la dixième division du Gotei 13 était chargé de sa sécurité. Toshiro Hitsugaya, le capitaine de cette division, est porté disparu après une bataille avec les voleurs, ce qui pousse le Seireitei à le suspecter de traitrise. Ils ordonnent sa capture immédiate ainsi que son exécution. Incapables de croire qu'il ait été capable de commettre un tel crime, Ichigo Kurosaki, Rangiku Matsumoto, Rukia Kuchiki, et Renji Abarai partent retrouver Toshiro afin de laver son nom. Pendant ce temps, Toshiro est recherché par les voleurs, et marche vers un sombre secret qui impliquerait un shinigami mort depuis longtemps.
Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).
L'histoire du film se déroule après les événements de la série animée. Après l'affrontement entre Reisi, Mikoto et Shirô, le Roi Argenté a disparu sans laisser de trace. Toutefois, il a la réputation d'être un Roi immortel. Kuroh et Neko cherchent donc à savoir si l'homme a qui ils ont prêtés allégeance est réellement mort ou non. Toutefois, ils sont interrompu dans leur recherche par deux membres d'HOMRA poursuivit par une mystérieuse personne.
Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.
Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.
Scarlet, une princesse médiévale experte en combat à l'épée se lance dans une périlleuse quête pour venger la mort de son père. Son plan échoue et grièvement blessée elle se retrouve projetée dans un autre monde, le Pays des Morts. Elle va croiser la route d'un jeune homme idéaliste de notre époque, qui non seulement l'aide à guérir mais lui laisse également entrevoir qu'un monde sans rancœur ni colère est possible. Face au meurtrier de son père, Scarlet devra alors mener son plus grand combat : briser le cycle de la haine et donner un sens à sa vie en dépassant son désir de vengeance.
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