L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.
Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant...
Un groupe d'assassins se réunit pour une mission suicide dans le but de tuer un seigneur cruel.
Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli…
Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément.
Au XIIe siècle, les guerres de clans font rage au Japon. Le prince Yoshitsune est pourchassé par son frère aîné, jaloux de sa récente victoire sur le clan Heike. Yoshitsune prend la fuite, aidé par six fidèles vassaux déguisés en moines pour tromper leurs poursuivants. Mais avant de quitter le territoire, il leur faut traverser le poste-frontière d’Ataka, minutieusement gardé par les hommes de son frère…
Ancien samouraï, Yanagida mène une vie modeste avec sa fille à Edo et dédie ses journées au jeu de go avec une dignité qui force le respect. Quand son honneur est bafoué par des accusations calomnieuses, il décide d’utiliser ses talents de stratège pour mener combat et obtenir réparation…
Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…
Japon 1860. Les samouraïs savent que leur caste va bientôt disparaître. Certains, comme Shimada, se concentrent sur l'enseignement de la "voie du sabre". D'autres intriguent entre partisans de l'Empereur et nostalgiques du Shogun. Les autres se replient sur eux-mêmes, refusant la réalité, et se réfugient dans l'ultra-violence, le nihilisme absolu. C'est le cas du maître dévoyé Ryunosuke Tsukue. Sa botte secrète, la garde "Silence et Regard calme", le transforme en sabreur invincible. Tsukue assassine froidement le grand-père de la douce Omatsu. Lorsqu'il donne son accord pour un match d'exhibition dans son ancienne école d'escrime, la femme de son adversaire, connaissant sa réputation de guerrier imbattable et sanguinaire, le supplie de perdre délibérément le combat, offrant sa vertu en compensation. Ryunosuke accepte son offre mais tue le mari pendant le match…
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…
Takezo, rebaptisé Musashi Miyamoto, est devenu un samouraï hors pair. Depuis des années, il parcourt le pays au gré de ses affrontements dont il sort toujours vainqueur. Le voici désormais à Kyoto pour combattre maître Yoshioka. Dans la grande ville, il retrouve ses deux soupirantes : la vertueuse Otsu, ancienne fiancée de Matahachi, et la jeune Akemi, également courtisée par Yoshioka. Alors que l’affrontement entre les deux hommes est sans cesse repoussé, la violence autour de Musashi ne fait que croître...
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
En 1573, le Japon est le théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux. Le plus puissant de ces clans est commandé par Shingen Takeda. Au cours du siège du château de Noda, Takeda est blessé à mort par un tireur embusqué. Pour éviter que son clan perde de sa cohésion dans des luttes intestines, Shingen demande que sa mort reste cachée pendant trois ans. Un ancien voleur, épargné pour sa ressemblance avec le seigneur de la guerre, fait alors office de doublure avec la complicité des généraux, afin de duper leurs nombreux ennemis à l'affût.
En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. Treize hommes se réunissent pour former un groupe de treize assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille à 1 contre 1000, au nom de la justice et de la liberté.
Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend la nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser ; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps, ses employeurs étant menacés par un redoutable chef de yakuza prenant le contrôle de la région en collaboration avec un notable corrompu.
Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...
Kyoto, au printemps 1865. Sozaburo et Hyozo viennent tous deux d'être embrigadés, au temple Nishi-Honganji, dans une prestigieuse milice composée exclusivement de samouraïs. Sozaburo, par son aspect androgyne, trouble tous les soldats, suscitant bien des convoitises. Bien que rien dans la milice n'interdise les amours entre hommes, certains d'entre eux le désirent en secret, même si Sozaburo clame haut et fort qu'il n'aime pas les garçons. Lorsqu'on retrouve le corps sans vie d'un soldat, c'est Sozaburo qui est chargé d'exécuter le principal suspect, qui n'est autre que Hyozo, soupçonné d'avoir tué par jalousie…
Frappé d'immortalité, Manji la fine lame accepte de devenir le garde du corps d'une jeune fille et promet de venger sa famille assassinée.
Au milieu du 19ème Siècle, sur les cols enneigés de l'Île de Sado, le samouraï Magobei, après plusieurs années d'absence, rentre chez lui, malgré le traumatisme engendré par un massacre perpétré par son clan, quelques années plus tôt. Alors qu'il s'apprêtait à ranger son sabre, renonçant ainsi à son statut de samouraï, il apprend qu'une nouvelle tuerie se prépare. Il décide alors, cette fois, de s'opposer à son propre clan...
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