Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…
Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...
Plein de remords après ses précédentes aventures, Zatoichi décide de retourner dans son village natal. Il y retrouve son ancien maître d'armes, Banno, qui - loin de l'image classique du sage sifu émérite - est un fourbe personnage même enclin à extirper de l'argent à ses propres élèves. Zatoichi de son côté s'adonne aux flèches de Cupidon et en pince pour la belle Yayoi pour laquelle il fait même l'impossible promesse de disposer les armes. Malheureusement condamné à errer encore plus d'une vingtaine d'épisodes cinématographiques à venir, il est obligé d'aller à l'encontre de ses bonnes intentions et de se battre contre le frère d'un ennemi assassiné au cours du précédent épisode...
Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.
Le masseur aveugle Zatoichi se rend dans le village Itakura pour se recueillir sur la tombe d'un homme qu'il a tué dans des circonstances troubles, plusieurs années auparavant. Il est alors accusé à tort du vol de l'or destiné à payer les impôts de la communauté. Obligé de fuir, il trouve comme compagnon d'infortune un vieil ami, le chef yakuza Chuji, également considéré comme complice du forfait. Pour prouver leur innocence, les deux hommes vont devoir se monter rusés et démêler les fils d'une machination complexe où prend part un redoutable et énigmatique personnage, le samouraï Jushiro.
Atteint d'une balle dans le dos, Ichi se voit prodigué des soins à titre gratuits, après qu'une femme ait payé pour lui. En la retrouvant pour la remercier, il se retrouve - une fois n'est pas coutume - pris dans une guerre entre deux clans; mais contrairement à d'autres fois, il choisit d'aider celui de sa bienfaitrice, son père étant soumis à un terrible chantage par le chef de gang adverse. Outre des hordes de gardes de corps, Zatoichi devra également affronter des mercenaires enrôlés par le camp ennemi - et le fils de son protecteur, qui n'est autre que celui qui avait tenté d'intenter à sa vie...
Zatoichi est poursuivi à travers la campagne par un groupe de mercenaires. Grâce à la complicité de voyageurs, aveugles comme lui, il parvient à les semer. Plus tard, il croise la route d'une femme, épuisée sous le fardeau de l'enfant qu'elle porte dans ses bras. Charitable, Zato lui donne sa place dans le palanquin qui le transporte. Mais ses ennemis surgissent et tuent l'innocente, croyant éliminer le masseur aveugle. Zatoichi décide alors de prendre l'enfant sous sa protection, le temps de l'amener à son père. Le périple commence…
Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa sœur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.
Dix années après leur séparation, Ichi rend visite à Hikonoichi, le professeur qui lui apprît l’art du massage. Arrivé en ville, il apprend que ce dernier a été assassiné et que sa fille, Sayo, a été contrainte de se prostituer pour le compte du parrain local, Tatsugoro, afin de payer les dettes de son père. En fait Tatsugoro a trouvé un moyen efficace d’amasser fortune en prêtant de l’argent puis en faisant tuer l’emprunteur, reportant ainsi le remboursement de la dette sur les filles qui vont grossir les rangs des prostituées de ses maisons de passe. Ichi, en fréquentant une maison du jeu du clan yakuza, démasque la tricherie opérée par les croupiers. L’un d’eux, Denroku, est désigné comme bouc émissaire par le parrain avant d’être expulsé du village, devant laisser sa fille Tsuru aux mains du gang. Ichi décide de sauver Tsuru et de régler son compte au boss félon et à l’intendant qui mouille dans la combine…
Promettant à un condamné à mort de recueillir les éléments nécessaires à sa disculpation avant son exécution, Zatoichi croise la route d'un prêtre imposteur et d'une beauté fatale, avant de confronter un notable corrompu.
À bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoichi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoichi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier...
Au cours de ses nombreux périples, Zatoïchi croise la route d'un prêtre aveugle, qui va remettre en question la philosophie même du bretteur aveugle et lui reprocher d'avoir donné "le mauvais exemple" à un jeune garçon en ripostant aux railleries d'un groupe de yakuzas par la violence. Les tentatives de rachat se soldent malheureusement par un échec, renvoyant péniblement le masseur à sa malédiction de ne vivre que pour combattre...
La prière adressée en début d'épisode par Zatoichi de ne plus avoir à tuer ne semble pas arriver aux oreilles des Dieux, un inconnu confrontant le bretteur en un duel à la vie et à la mort. En suivant le cheval de son adversaire défait, Zatoichi arrive dans un village sous l'emprise d'un gang de yakuzas. Le chef, un habile archer, avait sciemment envoyé un homme lui devant de l'argent pour affronter Zatoichi, sachant qu'il n'allait pas faire le poids face au légendaire bretteur. Blessé par la sœur de l'homme défait, Ichi va se reposer quelque temps auprès d'elle – et finit par confronter le chef de gang, avide de prendre l'entier contrôle des champs du village. En revanche, le bretteur ne saura – une fois de plus – compter que sur sa seule personne pour faire face à l'ennemi, la lâcheté des hommes les empêchant de faire face à la menace.
Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend la nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser ; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps, ses employeurs étant menacés par un redoutable chef de yakuza prenant le contrôle de la région en collaboration avec un notable corrompu.
Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…
De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu ; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.
Zatoichi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients à la clinique. Mais Zatoichi est à plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger à conditions qu'ils l'aident à se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoichi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant à libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin...
Zatoichi est hébergé par un parrain qui lui demande, comme service rendu aux yakuzas, de servir de témoin à l'exécution d'un mauvais payeur. Mais les hommes chargés de la besogne s'avèrent incapables de s'en acquitter, et c'est finalement Zatoichi qui effectue le contrat. Il découvre alors que la victime avait une sœur et que c'est en vérité elle qui intéresse le chef du clan, puisqu'il l'a promise à un riche marchand en échange d'un poste de fonctionnaire. La jeune femme veut d'abord assassiner Zato avant de se rendre compte qu'elle est en fait tombée amoureuse de lui. Désormais, le masseur aveugle doit la protéger contre un gang de yakuzas au grand complet, tout en se préparant à combattre un étrange samouraï désireux de se mesurer à lui...
Zatoichi, dont la tête a été mise à prix, vient trouver refuge dans un village qu’il visita 3 ans auparavant. Mais l’endroit est depuis tombé entre les mains du parrain Masagoro, réputé pour avoir dérobé une cargaison d’or du Shogun. Masagoro vient d’embaucher un mystérieux garde du corps (Toshiro Mifune), amoureux de la maîtresse d’un marchand, père et rival de Masagoro. Ichi se fait recruter par ce marchand et commence à entretenir une étrange amitié / rivalité avec le garde du corps. La guerre entre les clans gronde...
Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...
Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?
Zatoichi porte secours à une voyageuse en train d’accoucher et qu’un yakuza vient de détrousser. Il sauve le bébé, mais la mère meurt en prononçant le nom du père: “Sataro, à Shiobara”. Zatoichi prend le nourrisson sous sa protection, tandis qu’un mystérieux enfant l’épie, jusqu’à Shiobara où il ne trouve que la sœur de Sataro, Oyaé, harcelée par des yakuzas. Elle attend son frère, d’une province voisine, qui doit apporter l’argent destiné à payer sa dette. Quand Sataro se fait enfin expliquer les circonstances du drame, l’enfant (qui n’est autre que son fils aîné) réapparaît et accuse le masseur aveugle du meurtre de sa mère...
Sur un pont délabré, Zatoichi provoque involontairement la mort d’une vieille femme. Rongé par le remords, il se met à la recherche de sa fille dont il sait seulement qu’elle est prostituée à Ogiya, une maison close du port de Choshi. Il finit par la retrouver et gagne la somme nécessaire pour la racheter à la table de jeu de Mangoro, un satanique parrain qui règne sur Choshi. Zatoichi se met alors en tête de remettre la prostituée dans le droit chemin, avec une insistance qui va le rendre sourd aux cris désespérés de la population persécutée par les hommes de Mangoro.
Au hasard de ses pérégrinations, Zatoichi passe près de Kasama, son village natal qu’il a quitté depuis vingt ans. La nostalgie le pousse à franchir les portes du village qui, à sa grande surprise, retentit de clameurs de bienvenue. Ce n’est pas lui la cause de cette effervescence, mais Shinbei, ancien du village, revenu pour payer les dettes des paysans ruinés. Pourtant, la générosité de ce marchand parvenu, qui est aussi l’ami d’enfance de Zatoichi, cache un plan crapuleux : le contrôle de l’économie locale, avec l’aide d’un clan yakuza et du gouverneur corrompu. Et Zatoichi aura toutes les peines du monde à expliquer aux paysans naïfs les véritables intentions de leur « bienfaiteur ».
