Deux journalistes, Mino-san et sa partenaire, sont envoyés pour couvrir un évènement culturel dans la ville de Shanghai. Cette dernière se retrouve finalement seule au milieu de cette manifestation festive. Elle est brutalement mêlée à une situation critique au mauvais endroit, au mauvais moment, mais c'est alors que surgit Canaan, une jeune mercenaire.
Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Sans emploi, n'ayant plus le droit de porter le sabre, confrontés aux fusils et aux canons, les samouraïs vont peu à peu disparaître pour entrer dans la légende. Kenshin est l'un de ces guerriers perdus. Grand maître de sabre il est devenu un vagabond errant sur les routes du Japon. Mais son esprit chevaleresque et son courage vont faire de cet ancien mercenaire un justicier aimé et respecté.
La tranquille chasseuse de primes Chateau et le mystérieux et puissant tueur à gages Ryang-ha s’affrontent et deviennent ennemis après ce combat. Du moins, ils auraient dû, mais pour une raison étrange, Ryang-ha s’attache à Chateau et commence à la suivre partout. Petit à petit, Chateau coopère avec Ryang-ha qui l'entraîne dans la lutte contre les organisations qui le traquent. Une bataille également liée à son passé…
Comment le plus talentueux des assassins peut-il ne pas tuer quelqu’un ? Spécialement formé depuis son enfance pour devenir tueur à gages, l’invincible tueur connu sous le nom de Fable peut éliminer n’importe quel adversaire en moins de six secondes. Mais un jour, son patron lui ordonne soudain de ne tuer personne pendant un an et de vivre une vie ordinaire. Sous le nom d’Akira Sato, Fable accepte sa mission et commence à vivre la vie d’une personne tout à fait normale. Mais derrière cette vie paisible plane une sombre menace qui l’empêchera d’être tranquille.
Mireille Bouquet, une tueuse à gages qui a la réputation d'être très efficace, reçoit un jour un mail d'une certaine Kirika Yūmura. Mireille décide d'aller à la rencontre de cette personne afin d'en savoir plus. Une « relation de travail » se forme alors entre Mireille et Kirika, qui est sûre de détenir un grand secret en sa possession, mais n'a aucun souvenir sur elle ou sur ses actes dans le passé. Seul le nom de Noir lui semble familier. Commence alors pour ces deux personnes un péril pour découvrir la vérité.
Joe est un ninja qui a tourné le dos à son clan pour vivre avec sa femme et son fils. Une nuit, sa famille est assassinée par une mystérieuse organisation. N'écoutant que sa colère, il jure de se venger.
Recherché pour meurtre, Juzo Fujimaki est contraint de participer à un tournoi illicite et d'affronter des maîtres en arts martiaux lors de combats mortels.
Aika a désormais dix-neuf ans. Alors qu'elle survole la chapelle de l'université pour jeunes filles, son avion, le Vampire, subit des perturbations. Une fois au sol, à la vue de la marque laissée sur le fuselage, Aika comprend qu'elle a été attaquée par une chose mystérieuse. C'est alors qu'Eri la contacte : elle lui propose d'enquêter sur une série d'étranges disparitions qui ont lieu sur le campus où Karen étudie. Aika, ravie de revoir ses deux amies, accepte l'enquête et oriente ses recherches vers la chapelle...
Aoi Nagisa est une jeune fille dont les parents ont été mutés à l'étranger. Elle est donc transférée en cours d'année à Astraea. Cet établissement est composé de trois écoles : St Miatre, St Le Rim et St Spica. En retard dès son jour d'admission, Nagisa tente de couper à travers le parc de la résidence universitaire. Elle tombe par surprise sur une éblouissante étudiante à la chevelure argentée. Alors que cette dernière s'approche et l'enlace pour l'embrasser, Nagisa s'évanouit.
Dans les bas-fonds de Tokyo, un singe doué en arts martiaux s’entraîne auprès du fantôme d’un assassin américain afin d’accomplir sa vengeance auprès d’une organisation criminelle.
Baki et les maîtres de l'arène souterraine se retrouvent face à une menace d'envergure historique : le plus grand samouraï du Japon, Musashi Miyamoto, a été ramené à la vie.
Par amour, le meilleur des tueurs à gages, Taro Sakamoto, a pris sa retraite. Mais quand son passé le rattrape, il doit se battre pour protéger sa famille adorée.
En 1931, le shogun Yoshinobu Tokugawa a 94 ans et exerce toujours un contrôle absolu sur le Japon. Des vestiges de la culture de l'ère Meiji sont visibles dans la ville, mais la science et la cosmologie ésotérique japonaise Onmyodo se sont également développées, dégageant un sentiment de modernité. Pourtant, œuvre dans l'ombre Kuchinawa, un groupe dissident qui cherche à assassiner le shogun et à faire tomber le régime.
Oribe Mafuyu et Yamanobe Tomo sont deux étudiantes à l'académie St Minkhalov dirigé par le père de Tomo. Mafuyu défend constamment Tomo, car toutes les deux sont sujet aux brimades des autres élèves de l'école. Un jour, Mafuyu fait la rencontre d'un jeune garçon russe prénommé Aleksander Nikolaevich Her, se présentant comme un « Qwaser », des êtres capables de manipuler les éléments, pour combattre. Il défend la fille contre une attaque d'un de ces « Qwaser ». Commence alors une lutte entre l'Église et ces combattants, pour une relique qui renfermerait des secrets, et les deux jeunes filles se retrouvent entrainée au milieu de tout cela...
La période Edo touche à sa fin. Gabimaru, alias Le Vide, le plus célèbre et puissant des ninjas-assassins d'Iwagakure, croupit en prison et attend sa condamnation à mort. Il apprend pourtant qu'il sera acquitté et libéré s'il peut rapporter un élixir d’immortalité situé sur une île. Dans l'espoir de retrouver sa bien-aimée, Gabimaru s’y rend avec son bourreau, Yamada Asaemon Sagiri. À leur arrivée, ils rencontrent d'autres condamnés à mort recherchant également l'élixir, ainsi qu'une foule de créatures inconnues…
Ittoki Sakuraba était un étudiant ordinaire, jusqu'à ce que sa vie soit bouleversée ! Il découvre qu'il est le 19e héritier du fameux clan ninja Iga. Les Iga doivent essayer de défendre ce qui leur appartient contre les Kôga, un clan rival cherchant à mettre fin à la vie d'Ittoki. Ce dernier n'a d'autre choix que de devenir un shinobi suffisamment fort pour se protéger, mais aussi son village. Désormais étudiant à l'Académie Ninja de Kokuten, un lycée spécialisé dans les techniques shinobi, Ittoki apprend la voie du ninja moderne, équipé de combinaisons et de gadgets high-tech. Avec d’autres étudiants, Ittoki affronte les Kôga dans le but de mettre fin à cette rivalité une fois pour toutes.
Un ado découvre qu'il est un Ajin et s'enfuit avant que les autorités ne le soumettent à des expériences. Les autres Ajin voulant se rebeller, il doit choisir son camp.
Yuru, le chasseur, vit séparé de sa sœur jumelle Asa, enfermée dans une prison pour satisfaire un rituel. Tous deux ignorent la vérité sur leur naissance et lorsque leur paisible village est attaqué par de mystérieux ennemis, Yuru découvre qu’il peut commander un puissant duo de créatures appelé “Tsugai”.
L'agence de protection sociale sauve la vie des patients en phase terminale en utilisant des implants cybernétiques. Ensuite, il leur apprend à tuer. Après avoir survécu au massacre de sa famille, la jeune Henrietta se réveille à l'Agence avec un corps reconstruit et sans mémoire. Avec José, qui est responsable de la transformer en l'assassin parfait, Henrietta a eu une seconde chance - mais à quel prix ?
Afin d'acquérir les compétences nécessaires pour surpasser son père, Baki intègre la prison d'État d'Arizona pour affronter un prisonnier, le redoutable "M. Unchained".
