La trame principale suit Shintarô Kisaragi, un adolescent reclus chez lui depuis deux ans maintenant. Devenu accro à Internet, il parle surtout à Ene, un programme informatique sous forme de jeune fille installé sur son ordinateur depuis qu'il a ouvert un mystérieux mail. Après une mauvaise plaisanterie d'Ene, Shintarô se retrouve dans l'obligation de sortir de chez lui, ce qui l'amènera à rencontrer les membres de la Mekakushi Dan.
Nous sommes le 12 août. Après que la télécommande de son unique climatiseur a été détruite par inadvertance, "Je" élabore un plan pour retourner dans le passé de 24 heures avec une machine à remonter le temps, afin de récupérer la télécommande avant qu'elle ne se casse. Cependant, son ami Ozu ne peut résister à l'envie de jouer avec les événements passés, même si cela risque de détruire l'univers. "Je" doit se lancer dans une course contre la montre pour éviter la catastrophe.
Kyotaro Ichikawa est un garçon qui pense être secrètement le personnage principal torturé d'un thriller psychologique. Il passe ses journées à observer ses camarades de classe et en particulier Anna Yamada, l'idole de la classe, qui est la personne qu'il veut le plus tuer. Mais Kyotaro est loin d'être l'adolescent perturbé qu'il prétend être et il s'avère qu'Anna est elle-même un peu bizarre !
Moritaka Mashiro est en 3e année de collège et est très doué pour le dessin, c'est d'ailleurs le neveu d'un mangaka qui a connu son heure de gloire avant de ne plus avoir de succès et de mourir dans l'indifférence du public. Mashiro est amoureux d'une fille de sa classe, Miho Azuki, mais n'ose pas lui avouer ses sentiments. Akito Takagi, le premier de la classe, propose à Mashiro de s'associer avec lui afin qu'ils réalisent un manga. Mashiro refuse tout d'abord la proposition, jusqu'au soir où Takagi lui propose de le rejoindre devant chez Azuki. Celle-ci leur confirme alors vouloir devenir comédienne de doublage. Établissant un lien avec l'histoire de son oncle, Mashiro, fort troublé, lui dit alors, machinalement : « Si nous arrivons à réaliser notre rêve, voudras-tu m'épouser ? » Par chance, elle accepte, mais à condition qu'ils ne se voient plus jusqu'à ce que leur rêve soit devenu réalité. Mashiro et Akito se lancent alors dans la folle aventure de créer un manga à succès, avec le soutien de la famille de Mashiro qui lui confie les clés de l'atelier de son oncle défunt. Les deux adolescents se consacrent ainsi à l'écriture d'un manga et découvrent l'univers de l'édition manga au Japon, avec ses joies et ses déconvenues.
Dans ce monde il existe une pierre nommée Kizuna Ishi, cette pierre confère le pouvoir de contrôler des monstres. Et cette pierre est possédée par un jeune garçon. Pour rejoindre les Monster Hunters, ce dernier part de son village.
Une grande force maléfique d'origine inconnue réveille les graines du mal. Une fois réveillées, ces graines donneront naissance à un monstre destructeur et chaotique. Nous suivons Enno Chiaki, descendante de Enno Ozunu, un grand mage qui vivait il y a de cela 1200 ans. De ce fait, Chiaki est la seule qui puisse briser le sceau retenant Zenki, le démon de la famille, capable de tous les sauver.
Yuuichi, banal jeune homme de 17 ans, va faire ses études dans une petite ville où il était venu 7 ans plus tôt. A l'époque, il y passait ses vacances avec sa cousine Nayuki. Il ne garde néanmoins aucun souvenir précis de cette époque, que ça soit des rencontres qu'il y a fait ou des aventures qu'il y a vécu. Un jour où il attend que Nayuki ai fini de faire ses courses, il se fait bousculer par une étrange fillette. Elle s'appelle Ayu et tous deux réalisent rapidement qu'ils étaient autrefois compagnons de jeu. Au fil de ses rencontres, Yuuichi va peu à peu retrouver la mémoire sur son passé vécu dans cette ville et découvrir des souvenirs parfois douloureux qu'il aurait certainement du oublier à jamais... Adapté d'un eroge des mêmes auteurs que Air, Kanon 2006 est un remake d'un premier anime de 13 épisodes datant de 2002.
Cet anime adapte des histoires du manga que le précédent anime n'avait pas encore adaptées.
Un jeune homme se réveille dans une pièce peu accueillante mais il ne sait plus du tout qui il est ou ce qu'il faisait avant d'arriver là. Il est inquiet mais tente de se sortir de là et découvre qu'il est perdu au beau milieu du désert. Une personne masquée l'attaque soudainement mais il parvient à survivre grâce à son énorme envie de vivre et ses capacités de tueur né. Il découvre alors que son agresseur n'est autre qu'une jeune fille qui travaille pour une organisation mafieuse: Inferno. Un choix s'offre à lui: les suivre ou mourir...
Yakumo Fudji, est un étudiant comme les autres, jusqu'au jour où il fait la rencontre de Pai, une fille très spéciale, dotée de pouvoirs magiques. Yakumo est mortellement blessé, Pai fait alors de lui son Wu, son protecteur, qui jusqu'à la mort de son maître obtient la grâce de la vie éternelle et de l'invulnérabilité. Ainsi ils partent à la quête du peuple des Seimas, le peuple de Pai.
La pension des mimosas abrite une galerie de personnages plus excentriques les uns que les autres ! Tout change avec l'arrivée de la belle et douce Juliette, la nouvelle concierge, dont Hugo, un des locataires de la pension, tombe instantanément amoureux...
Un « shirobako » fait référence à la boîte blanche dans laquelle est placée une bande finalisée d'un film, pleine de l'effort de tous ceux qui y ont travaillé. Cinq filles ont pour objectif d'entrer dans une boîte blanche alors qu'elles tentent de trouver le succès dans l'industrie de l'anime par l'écriture, la production et le jeu de voix.
La société des hommes n’est pas celle que l’on croit. Sans le savoir, elle abrite une population de vampires qui côtoient les humains tout en dissimulant leur vraie nature. C’est ainsi que Tsukasa, étudiante à la vie tranquille, va en faire l’âpre découverte. Sauvée de justesse par un homme nommé Anzai, elle comprend que ce dernier n’est autre qu’un membre d’une brigade spéciale, chargée de neutraliser les vampires ayant franchi l’interdit : boire du sang humain. Au contact de la moindre goutte, ces créatures deviennent des monstres incontrôlables, animées par une rage folle… que le jeune Anzai, être hybride, a de plus en plus de mal à maîtriser. Une irrésistible attirance naît entre Tsukasa et Anzai, dont la soif de sang ne cesse de s’accroître en sa présence… Vampire et humain, prédateur et proie…
Nagase Junichi vit avec sa soeur Minato dans une maison laissée vide par des parents trop occupés par leur métier d'aventuriers. Peut être par atavisme, il s'est forgé une terrible réputation auprès des élèves des autres écoles au point d'etre surnommé "Genokiller". Aussi, lorsqu'il vole au secours de la charmante Katagiri Yuuhi, ses adversaires déguerpissent sans combattre. Cette dernière, immédiatement tombée sous le charme de notre bad boy, est la nouvelle élève transférée dans l'école que fréquente Junichi. En effet désireuse de rencontrer son futur mari désigné par son père, elle s'est inscrite dans cette école. Ironie du sort, elle se retrouve dans la classe de notre héros. Suite à quelques quiproquos, les deux jeunes gens vont se retrouver fiancés! Pour le meilleur ou pour le pire ?
Kanda Sorata est un lycéen de seize ans, qui vit à Sakurasō, un dortoir réservé à certains élèves de la section Arts du lycée Suimei. Un jour, Shiina Mashiro, une belle et talentueuse jeune fille, qui est secrètement mangaka, arrive à Sakurasō. Aux premiers abords, elle paraît comme une lycéenne tout à fait normale, sauf qu'elle se révèle être incapable de prendre soin d'elle-même : elle ne sait pas cuisiner, ni ranger sa chambre, et elle montre des difficultés dans les tâches quotidiennes. Très vite, elle va devenir dépendante de Sorata, qui la considère comme sa petite sœur. De ce fait, le jeune lycéen va tout mettre en œuvre pour protéger Mashiro des locataires farfelus de Sakurasō. C'est ainsi que débute la relation peu ordinaire entre un « Maître et son Animal de Compagnie ».
Ignare, grossier et incapable, Duckman est probablement le pire détective privé que la Terre ait connu...
Hideki Motosuwa est un jeune étudiant qui vient de la campagne et qui monte à Tokyo pour préparer son examen d'entrée à l'université pour laquelle il a été recalé. Un soir, il trouve dans une poubelle un Persocon, une sorte d'ordinateur personnel qui a une allure parfaitement humaine. En l'occurrence, il s'agit d'un persocon avec le physique d'une très jolie jeune fille, sans aucun programme d'installé, donc complètement vierge (attention jeu de mot). Hideki va donc apprendre à Chii (c'est le nom du persocon : le premier mot qu'elle parvient à prononcer naturellement suite à son activation) progressivement à se comporter comme un humain... Jusqu'où cette relation va-t-elle aller ?
Joro est un lycéen tout à fait banal qui est attiré par son ami d'enfance Himawari et Cosmos la présidente du BDE et également la fille la plus populaire du lycée. Une situation sentimentale déjà bien assez complexe, qui ne fait que s'envenimer davantage lorsque les deux jeunes filles lui apprennent qu'elles sont toutes les deux amoureuses de son ami ! Cependent, l'histoire se complique lorsqu'une certaine fille à lunettes nommée Sanshouin dit être attirée par Joro…
Amano Ginji et Mido Ban sont des récupérateurs qui se font appeler les Get Backers. Leur travail, c'est de retrouver tout ce qui a été volé ou perdu. Leur devise : « Satisfaction garantie à 100% ou presque ». Chacun d'eux possède un pouvoir particulier. Ginji, qui était aussi appelé l'Empereur de la Foudre, peut créer de l'électricité avec son corps et la contrôler. Quant à Mido, il possède le Jagan, aussi appelé Œil Maléfique, qui déclenche une illusion de 60 secondes. C'est dans les alentours de Shinjuku que les Get Backers, accompagnés de nombreux alliés, vont devoir affronter des ennemis plus forts les uns que les autres afin de remplir leurs missions. Mais peu à peu, les mystères du Mugenjō vont refaire surface et nos héros devront faire face aux fantômes de leur passé.
Bien que redouté par ses camarades en raison de son air patibulaire, Ryûji bénéficie toutefois du soutien indéfectible de son meilleur ami, Yûsaku, qui l’introduit auprès de la mystérieuse Minori, dont il tombe immédiatement sous le charme. Une série d’événements fortuits lui révèle alors que Taiga, sa nouvelle voisine et confidente de sa dulcinée, est secrètement éprise de Yûsaku. En dépit de leurs divergences, ces derniers concluent un pacte, afin de séduire les élus de leurs cœurs.