Acting
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Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Alors que les adultes se partageaient le pays en toute tranquillité, les jeunes filles plongent désormais dans la période Sengoku. Le règne de la peur et de la terreur imposé par les Zenchura, une fédération de banchos à l'échelle nationale, a commencé. 80 % des collèges du pays sont déjà sous leur emprise. Pourtant, une jeune fille était bien décidée à anéantir ces ambitions malveillantes. Elle s'appelle Asuka Kuraku.
Shirô Amakusa, chef des insurgés catholiques tués par le Shogunat lors du massacre de Shimabara, revient à la vie à l'aide de pouvoirs démoniaques.
Après les événements de la série télévisée, Yoko Godai, âgée de 18 ans, a abandonné son identité d'agent spécial Saki Asamiya pour reprendre une vie normale et se prépare désormais aux examens d'entrée à l'université. Cependant, elle tombe par hasard sur un jeune homme nommé Kazuo Hagiwara qui tente d'échapper à un groupe de tueurs à gages, et apprend qu'il vient de l'Académie Sanko, une école privée située sur une île isolée connue sous le nom de « Château de l'Enfer ». L'école est dirigée par un ancien révolutionnaire que l'on croyait mort, nommé Hattori, qui tente de laver le cerveau des élèves pour en faire des terroristes afin qu'ils l'aident à organiser un coup d'État fasciste au Japon.
