Acting
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Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
À l'avènement de l'ère Meiji, le système féodal, du shogunat des Tokugawa, fut remplacé par le gouverement Meiji. Il devint rapidement évident qu'il fallut aménager les terres hostiles d'Hokkaido, pour le bon développement de ce Japon occidentalisé. Cependant, la faible population et l'impitoyable climat qui y règne, ont rendu impossible toute implantation et ainsi retardé l'aménagement du territoire. Suite à quoi, le meneur des pionniers d'Hokkaido, Kuroda Kyotaka, rencontra le gouverneur Ito Hirobumi, avec qui il décida d'envoyer tous les prisonniers du Japon à Hokkaido pour y faire le travail. Durant la 14ème année de l'ère Meiji, en 1881, à quelque 120 kilomètres, au Nord de Sapporo, près de la rivière Ishikari, a été construite la prison de Kabato. Cette histoire prend début à l'orée de l'hiver de la 16ème année de l'ère Meiji, l'an 1883. Deux ans, après l'ouverture de la prison.
Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion et le monde est de nouveau tourmenté par des attaques de Gyaos. Les monstres volants réapparaissent en nombre croissant à travers le monde. Ce troisième volet de la série consacrée au monstre géant Gamera voit celui-ci confronté à l'éveil d'Iris, qui revèlera au monde sa véritable nature.
Shirô Amakusa, chef des insurgés catholiques tués par le Shogunat lors du massacre de Shimabara, revient à la vie à l'aide de pouvoirs démoniaques.
Un groupe de marchands apparemment ordinaires est en réalité une bande d'assassins à louer. Lorsqu'ils découvrent que tous les assassins d'Edo sont tués, ils doivent agir rapidement pour trouver le coupable.
