Directing
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Memphis, Tennessee, la ville du King Elvis Presley. Un couple de Japonais en pèlerinage, une jeune femme venant chercher les restes de son mari, quelques copains dépressifs et alcooliques vont se croiser sans vraiment se rencontrer dans une sorte de comédie romantique et nostalgique.
Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.
Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.
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Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Un ancien agent de change devenu yakuza doit s'assurer que son patron alcoolique est à la hauteur de la tâche de prêter serment au prochain chef de leur syndicat.
Un étudiant retourne à Kobe pour l'été. Une fois sur place, il rencontre son ami Rat, s'accroche à sa place habituelle, écoute les Beach Boys et rencontre une mystérieuse jumelle.