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Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l'organisation Akatsuki à son encontre...
Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.
Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…
Den City est la ville où sont créés les systèmes de réseau. La société de technologie SOL a développé le LINK VRAINS, un espace de réalité virtuelle dans lequel les gens peuvent expérimenter un tout nouveau type de duels de cartes. Très vite, un groupe de hackers, qui se fait appeler les Hanoi Knights, veut détruire le monde de l’intelligence artificielle ; Cyverse, qui existe quelque part dans cette dimension numérique. Cependant, les Hanoi Knights perdent face au mystérieux duelliste Playmaker qui souhaite préserver LINK VRAINS. Derrière ce redoutable joueur se cache le lycéen Yusaku Fujiki qui recherche la vérité derrière un incident qui a eu lieu dans son passé.
Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.
Dans une rue déserte, quelque part à Kyôto, se trouve un bistrot japonais appelé Izakaya Nobu. Mais ce lieu a un secret : son entrée est reliée à un autre monde. Le chef Nobuyuki Yazawa et son serveur, Shinobu Senke, ont décidé de faire des affaires dans cette étrange et lointaine dimension, une ville ancienne connue sous le nom d'Aitheria. Gardes du palais, artisans, marchands ou nobles, tous sont accueillis avec une bière bien fraîche et un délicieux plat à partager...
L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : Mettre la main sur Kyuubi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant il est enfin prêt pour arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !
L'histoire se passe dans une ville portuaire dans le Kanto. Là-bas vit Tandouji Arma, qui mène une vie seule et solitaire. Un jour il se fait aborder par Aiba Ruri qui lui demande son aide en utilisant le pouvoir du "Sacred Seven" qui réside en Arma. Cependant celui-ci refuse car dans le passé il a blessé des gens avec son pouvoir. Depuis ce moment, il a décidé de ne plus l'utiliser. Mais lorsque la ville est attaqué par un monstre, Arma se décide alors a utilisé le "Sacred Seven". Cependant son pouvoir devient incontrôlable et la situation commence à empirer. À cet instant Ruri vient à son aide...
Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.
Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…
