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L'histoire suit Ryner Lute, un élève paresseux "étudiant" dans l'académie de magie de Roland. Un jour, alors qu'ils partent en guerre contre le pays voisin, Estaboole, tous les camarades de Ryner décèdent suite à la trahison de Kiefer Knolles, l'amie de Ryner. Encerclé par les ennemis, Ryner perd le contrôle de lui-même en voyant ses deux seuls amis se faire torturer. De ce fait, il réveille son pouvoir enfoui en lui : l'Alpha Stigma. Après avoir décimé la totalité des ennemis, il prend la place de Kiefer en prison et y passe plusieurs années. Plusieurs années plus tard, Ryner est relâché et se voit attribuer la mission de partir à la recherche de reliques appartenant à un héros légendaire. Accompagné de l'autoritaire Ferris Eris, la vie ne sera pas de tout repos pour Ryner...
Kana Nakamachi est une jeune fille en milieu scolaire. Elle a perdu ses parents et vient tout juste de perdre sa grand-mère qui était son unique parent proche... Abandonnée à elle seule, elle trouve un travail dans un bureau de livraison de journaux pour pouvoir subvenir à ses besoins. Bien que ce soit une très jeune fille, le personnel du Bureau accepte le fait qu'elle puisse travailler ici pour gagner sa vie. Elle se fera de nouvelles amies qui l'aideront dans sa tâche, et ainsi l'histoire suit la vie quotidienne de Kana, dans le rythme rapide et dur du domaine du travail et de la vie en autonomie dans un environnement des plus charmeur.
Nao Takanashi aime beaucoup son grand frère Shusuke. Elle est déterminée à ce qu'il la voit enfin comme une femme, et non plus comme une enfant. Tellement déterminée, qu'elle va aller dans la chambre de Shusuke pour jeter tous ses magazines pornos qui ne sont pas sur le sujet de l'inceste. Mais elle va tomber par hasard sur un album photo qui va grandement modifier la vision qu'elle porte sur son frère, puisqu'elle va s'apercevoir de quelque chose de troublant : Elle n'apparaît sur aucune des photos d'enfance.
Suite à la découverte d'un portail entre le Japon et le Saint Empire Eldant, le gouvernement japonais a recruté le jeune Shinichi Kanou comme ambassadeur afin de renforcer les relations entre les deux mondes. Ce dernier devra présenter et défendre la culture japonaise mondialement connue à travers les mangas, les animes et les jeux vidéos !
Voogie's Angel se déroule dans un avenir proche, en l’an 2020, où l’humanité est du côté perdant d’une guerre contre une race extraterrestre sinistre connue sous le nom d’Émigrants Spatiaux. L’humanité est contrainte de vivre dans des cités sous-marines, et les défenses humaines sont rapidement dépassées par la technologie plus avancée des extraterrestres. Un siècle s’est écoulé depuis que l’humanité a été écrasée par les Émigrants Spatiaux, et les derniers survivants ont planifié une offensive pour reprendre leur planète. Leur espoir repose sur quatre filles cybernétiquement améliorées : Voogie, Rebecca, Merrybell et Shiori. Ensemble, elles utilisent les armes les plus récentes pour mener des attaques de guérilla contre l’ennemi extraterrestre et, finalement, reprendre la planète Terre.
Takuma Hirose est un jeune lycéen aveugle qui ne sait pas quel sens donner à sa vie. Depuis la mort de sa mère (à ce jour inexpliquée), il garde une profonde cicatrice, ce qui le rend triste et assez timide. A cause de ça, Takuma et son père quittent la ville pour s'intaller dans un endroit plus retiré, plus calme où Takuma ira dans un nouveau lycée. Il va se lier d'amitié avec des filles de la classe, dont trois qu'il va apprendre à connaître bien plus que les autres. Il y a l'obstinée Hayami Kohinata, la gentille Hinata Kagura, et la mystérieuse Otoha qui se fait passer pour un esprit du vent et que Takuma est le seul à voir. Au fur et à mesure qu'ils apprennent à se connaître, les blessures de Takuma commencent à guérir…
À la demande de son oncle, Nanako, une lycéenne ordinaire, va faire équipe avec Yukari, une camarade plus âgée, afin de devenir les stars locales de leur ville. Le duo est employé par la municipalité pour interroger des habitants au centre commercial ou encore apparaître dans des programmes télé locaux. Ensemble, elles sont le groupe de stars locales Nagarekawa Girls.
Au beau milieu d'une récréation, A-Ko rêve de trouver le parfait petit ami. À cause de cela, elle et C-Ko se lancent dans une dispute qui amène C-Ko à s'enfuir et manque se faire frapper par un motard nommé Kei. Alors qu'elle travaillait à mi-temps dans un fast-food pour amasser des fonds pour une tenue de soirée, A-Ko rencontra Kei et tombe immédiatement amoureux de lui. B-Ko tombe également sous le charme. Cependant, A-Ko et B-Ko ne savent pas que C-Ko est la prunelle des yeux de Kei.
En Irak, un groupe d'archéologues découvre d'anciennes reliques qui prophétisent l'arrivée d'une race supérieure et la fin de toute civilisation. Pendant ce temps, de retour à Graviton City, alors que la rivalité entre A-Ko et B-Ko sur Kei s'intensifie, M. Daitokuji organise un mariage arrangé entre Mlle Ayumi et Kei. Furieuses des fiançailles, A-Ko et B-Ko font tout ce qu'il faut pour empêcher le mariage de se produire. Mais peu savent qu'une autre flotte extraterrestre est en route vers la Terre.
