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Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.
Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…
Une grande force maléfique d'origine inconnue réveille les graines du mal. Une fois réveillées, ces graines donneront naissance à un monstre destructeur et chaotique. Nous suivons Enno Chiaki, descendante de Enno Ozunu, un grand mage qui vivait il y a de cela 1200 ans. De ce fait, Chiaki est la seule qui puisse briser le sceau retenant Zenki, le démon de la famille, capable de tous les sauver.
Récemment engagée dans la police de Tokyo, Natsumi (Olivia dans la V.F.) la téméraire est affectée à la brigade du trafic au commissariat du quartier fictif de Bokuto (arrondissement de Sumida), à Tokyo. Elle fait désormais équipe avec Miyuki (Laura), une conductrice hors pair et passionnée de mécanique. À priori, tout les sépare, l’impulsivité de Natsumi contrastant radicalement avec le flegme de Miyuki, mais une solide amitié liera les deux jeunes filles et le duo formera alors une équipe exceptionnelle, chacune aura à cœur à servir la population tokyoïte et faire régner l’ordre en pourchassant sans relâches les chauffards, voleurs et autres délinquants de tous calibres.
Des robots participent à des compétitions pour déterminer le champion medabot.
Harry Goodman, un détective privé disparait mystérieusement. Une séparation qui pousse alors son fils Tim, 21 ans, à tenter de découvrir ce qui s’est passé. Le détective Pikachu, ancien partenaire de Harry, participe alors à l’enquête…
Sur Vénus, Cobra passe paisiblement le soir de noël au volant de sa voiture quand devant lui, un camion tentant d'échapper à une bande de pirates de l'espace a un accident. Dans ce camion se trouve Secret, le portrait craché de Dominique, la défunte petite amie de Cobra. Elle confie à ce dernier la clé de Shiba et lui demande de l’apporter sur la planète Garon. Mais en faisant exploser le vaisseau des pirates, Cobra est grièvement blessé par un débris et se fait transporter à l’hôpital. A son réveil, en suivant les directives pour retrouver la jeune femme, il est confronté à Black Bone, un pirate qui vise Secret et la clé de Shiba. Cobra a bien compris que les pirates veulent la mort de Secret, il décide de la protéger…
Nous sommes en l'an 4699. Le jeune Lucky part à la recherche du capitaine Ahab pour lui demander de sauver sa planète natale du terrible Hakugei, le destructeur de planètes.
