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L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Shiki, un orphelin qui a été élevé par des animatroniques dotés d'une conscience dans un parc d'attraction abandonné nommé Granbell Kingdom. Un jour, Rebecca et son chat Happy se rendent à ce parc afin d'enregistrer des vidéos pour le site B-Cube, un cousin éloigné de YouTube. Peu de temps après leur arrivée, ils se font enlever par les résidents du parc. En réalité, il s'agit d'une mise en scène qui est censée forcer Shiki à quitter la planète avec Rebecca et Happy étant donné que les batteries des animatroniques sont en fin de vie. Après vaincu à contre contrecœur les robots, Shiki s'échappe de la planète en compagnie de Rebecca et Happy avec pour but d'explorer le Cosmos Sakura et ainsi trouver Mother, déesse mystérieuse de l'univers.
Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.
Fairy Tail est de retour ! Avec FAIRY TAIL 100 YEARS QUEST : En route pour la quête de 100 ans, revivez les meilleurs moments de Fairy Tail et découvrez en avant-première les 3 premiers épisodes de FAIRY TAIL 100 YEARS QUEST. En dépit de leur éclatante victoire sur Acnologia et Zeleph, l’heure n’est pas au repos pour le quintet le plus survolté de Fairy Tail. Natsu, Lucy, Grey, Erza et Wendy s’engagent dans une mission d’une extrême dangerosité : achever la légendaire Quête de 100 ans et terrasser les cinq Dragons Divins, un exploit que nul mage n’est parvenu à concrétiser. Mais pourront-ils en surmonter les périls sans le moindre sacrifice ?
Il y a une cinquantaine d'années, deux royaumes se déchiraient dans une guerre : le royaume de Symphonia et celui de Rareglobe. Chacun possédait une pierre aux dangereux pouvoirs : Symphonia possédait Rave et Rareglobe possédait les Dark Bring. La guerre prit fin à la suite d'un gigantesque cataclysme qui détruisit les deux cités. Cinquante ans plus tard, Shiba, le Rave Master atteint une petite île où il trouve enfin son héritier en la personne de Haru, un adolescent de l'île. Il lui confie Rave, et lui donne pour mission de réunir les 4 fragments manquant, avant que Demon Card, une organisation criminelle, ne réunisse les Dark Bring qu'ils ont éveillés.
Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.
Natsu et ses amis partent exécuter un petit boulot. Mais, à cause d’une erreur de la part de Lucy, la mission est un échec. Sur le chemin de retour vers son appartement, Lucy rencontre une fille nommée Éclair, écroulée au sol. Cette fille, accompagnée d’un oiseau nommé Momon, a, semble-t-il, perdu la mémoire et tout ce dont elle se rappelle est qu’elle doit livrer la moitié de la pierre de Phœnix, en sa possession, quelque part. Les ennuis ne tardent pas à arriver pour Fairy Tail. En effet, la garde d’un prince capricieux convoite la pierre qu’Éclair possède. La guilde est pratiquement détruite et Éclair est enlevée. La guilde Fairy Tail ne tarde pas à partir au secours de la demoiselle et à s’engager dans des combats difficiles contre les quatre gardes… au prix d’un sacrifice.
