Writing
Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…
Yûgi est un jeune lycéen timide, secret et foncièrement gentil. Trop gentil diront certains, mais certainement pas Joey, Tristan et Téa, ses meilleurs amis. Avec eux, il partage la passion d’un jeu de cartes, le « Duel de Monstres », créé par le mystérieux Pegasus. Une passion qui va les entraîner dans une étrange et fascinante aventure, une quête grâce à laquelle ils découvriront la force de l’union et la puissance de la stratégie.
Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.
Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux. Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique. L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.
Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…
Yûgi Muto est un jeune lycéen continuellement harcelé par les autres élèves de son école. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, et qui prend possession du garçon. Yûgi devient en effet différent lorsqu'il livre des duels de cartes. Avec ses amis, il décide de partir pour parcourir le monde afin de remporter des duels et de percer le mystère des objets du Millénium…
Alors que son grand-père est parti en expédition, Yugi rêve que lui et le pharaon combattent un nouvel ennemi. À son réveil, son grand-père n’est toujours pas de retour. Pendant que lui et Téa jouent aux Monstres à Capsules, Joey participe à une loterie et gagne 4 billets pour l’Inde. C’est ainsi que Yugi, Tea, Joey et Tristan partent pour l’Inde mais le second avion qu’ils prennent tombe en panne et s’écrase en pleine forêt. Là-bas, ils sauvent de la déshydratation un homme du nom d’Alex Brisbane, un collègue du grand-père de Yugi. Il leur apprend que Salomon Muto a disparu dans une pyramide. Ils découvrent un endroit où le sol ressemble à une carte. Joey disparait en marchant sur ce sol, aussi Yugi et ses amis le suivent pour le retrouver. Arrivé dans une forêt, ils se font attaquer par un monstre et découvrent que ce monde alternatif utilise la méthode d’invocation du jeu Capsule Monsters. Arriveront-ils à retrouver Joey et le grand-père de Yugi ainsi qu’à quitter ce monde ?
Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…
Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.
Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…
Le film raconte l'histoire de Shun, un jeune duelliste amateur qui, par hasard, va un jour se retrouver en possession du Dragon Noir aux Yeux Rouges. La carte étant très rare, Seto Kaiba cherche à s'en emparer, mais Yugi se trouve, une fois encore, sur son chemin.
