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Le masseur aveugle Zatôichi voyage de ville en ville, jouant, buvant et combattant les gangs locaux.
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Zatoichi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients à la clinique. Mais Zatoichi est à plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger à conditions qu'ils l'aident à se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoichi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant à libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin...
Zatoichi porte secours à une voyageuse en train d’accoucher et qu’un yakuza vient de détrousser. Il sauve le bébé, mais la mère meurt en prononçant le nom du père: “Sataro, à Shiobara”. Zatoichi prend le nourrisson sous sa protection, tandis qu’un mystérieux enfant l’épie, jusqu’à Shiobara où il ne trouve que la sœur de Sataro, Oyaé, harcelée par des yakuzas. Elle attend son frère, d’une province voisine, qui doit apporter l’argent destiné à payer sa dette. Quand Sataro se fait enfin expliquer les circonstances du drame, l’enfant (qui n’est autre que son fils aîné) réapparaît et accuse le masseur aveugle du meurtre de sa mère...
Alors que la Seconde Guerre mondiale touche à sa fin et que le Japon est proche de la défaite, les chefs militaires japonais intensifient les attaques suicides contre les navires alliés. Un chef d'équipe Kamikaze a des doutes sur les tentatives de suicide.
Après avoir été piégé par son propre gang pour tuer un gangster rival, un tueur à gages est contraint de fuir avec son jeune frère.
Isazo, aussi doué pour le jeu que dans le maniement du sabre, rencontre, dans une auberge, un jeune garçon qui se trouve être le fils de Yoshino, ancien amour d'Isazo, qu'il n'a jamais pu épouser...
Hishakaku demande à sa femme, Otoyo, une ancienne geisha, de déménager à Tokyo, où ils sont accueillis par Boss Kokin. En raison de ses obligations envers Kokin, il est impliqué dans une guerre de gangs et est arrêté.
Une jeune femme samouraï rencontre un messager mourant et accepte de lui remettre le parchemin qu'il transportait à destination. Cependant, à son insu, le rouleau est en fait la formule d'une nouvelle sorte de poudre à canon. Un clan maléfique qui projette de renverser l'empereur est également à la recherche du parchemin et tente de le lui prendre.