La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Les derniers éléments du puzzle se mettent en place, les derniers acteurs encore en place se rapprochent de la scène finale pendant que certains font un come-back inattendu. Alors que le Roi d'Eden est cerné de toutes parts, il se trouve des alliés objectifs qu'on ne soupçonnait pas. Qui est Mr Outside ? Où est Juiz ? Quel est le sens de la Seleçao ? La révolution des NEET est-elle en marche ? Alors que Saki courre toujours après Takizawa, les membres du club Eden se serrent les coudes dans cette course finale qui réserve encore bien des surprises.
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Il y a six ans s’est déroulé un drame durant lequel des centaines de personnes dotées de pouvoirs surnaturels ont trouvé la mort, officiellement par suicide. L’agence de détectives est aujourd’hui chargée de capturer un certain Tatsuhiko Shibusawa que l’on soupçonne d’être impliqué dans cet étrange phénomène. Tous ceux possédant des pouvoirs sont désormais menacés par un ennemi doté d’une puissance jamais vue jusqu’ici. La ville de Yokohama plonge ainsi dans la terreur.
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Après la 3ème guerre mondiale, certains gouvernements décidèrent de construire Olympus, une cité utopique administrée par des bioroïds. Mais des criminels décident de détruire Gaia, l'ordinateur central, afin de libérer ce monde qu'ils jugent trop contrôlé. Les membres de l'ESWAT Deunan Knute et Briareos Hecatonchires parviendront-ils à les arrêter avant qu'ils ne ruinent ce nouveau paradis ?
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Dans un futur proche, le Major est unique en son genre : humaine sauvée d’un terrible accident, son corps aux capacités cybernétiques lui permet de lutter contre les plus dangereux criminels. Face à une menace d’un nouveau genre qui permet de pirater et de contrôler les esprits, le Major est la seule à pouvoir la combattre. Alors qu’elle s’apprête à affronter ce nouvel ennemi, elle découvre qu’on lui a menti : sa vie n’a pas été sauvée, on la lui a volée. Rien ne l’arrêtera pour comprendre son passé, trouver les responsables et les empêcher de recommencer avec d’autres.
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
Un missile d'origine inconnue détruit un pont de Tokyo. La police des Labors est chargée par un agent du gouvernement d'enquêter sur l'affaire...
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).
Suite au décès accidentel et précoce de la reine Sakura et son fils Gilles, la princesse Mira se retrouve à être la principale prétendante à la succession au trône de Vespania de son défunt frère, une monarchie estimée pour un minerai spécial. Durant son voyage au Japon, après avoir échappé à une tentative d'assassinat lors d'une réception à laquelle étaient conviés Conan et le détective Kogouro Mouri, la princesse Mira fait la rencontre de Ran, la fille de Mouri qui est son sosie parfait. Elle profite donc de cette occasion pour échanger sa place de princesse avec cette dernière afin d'échapper à cette vie de souveraine. De l'autre côté, Jigen et Lupin parviennent à infiltrer les coulisses du royaume de Vespania afin de s'emparer de la couronne de la reine qui n'est rien d'autre que le trésor le plus précieux de ce pays. Ainsi, tout le monde se retrouve embarqué dans l'affaire relative au décès de la reine et du prince de Vespania.
Jigen raconte à une journaliste sa rencontre avec Lupin (Edgar), au temps ou il travaillait pour un parrain de la mafia…
Lupin le Troisième, petit-fils du très célèbre Arsène Lupin et ses partenaires forment un gang de cambrioleurs appelés les "Oeuvres". Ensemble, ils veulent infiltrer l'Arche de Navarone, une forteresse de haute sécurité ressemblant à un gigantesque coffre-fort, pour y dérober le "Cœur Pourpre de Cléopâtre", le bijou le plus cher au monde.
La Bat-famille revient dans le présent et découvre que le Japon a disparu et qu'une île géante appelée "Hinomoto" est apparue dans le ciel de Gotham City. À son sommet se trouve la Ligue des Yakuza, un groupe d'individus sans foi ni loi qui ressemble étrangement à la Ligue des Justiciers. Batman et ses alliés devront sauver Gotham au péril de leur vie !
Lorsque deux androïdes de combat défectueux sont accidentellement lâchés lors d'une mission "Terminate at All Costs" contre la petite-fille insoupçonnée de leur créateur, une ville entière devient le champ de bataille et même l'armée ne peut les arrêter ! Le seul espoir de la fille : Sybil, une journaliste indépendante qui cherche à obtenir le scoop de sa vie, si elle peut, d'une façon ou d'une autre, garder elle-même et son sujet en vie assez longtemps pour déposer un rapport. Mais d'abord, elle doit se rappeler de s'habiller !
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