Kohei Kuryu (Kimura Takuya) est un jeune procureur. Mais, un procureur vraiment pas comme les autres !... En effet... entre son allure générale, ses tenues vestimentaires plus que cool, son intérêt prononcé pour les émissions et les articles de télé-achat, ses manières peu orthodoxes pour traiter les affaires dont il a la charge et un certain passé... Il n'a vraiment pas la tête de l'emploi. C'est d'ailleurs la première réflexion que se fait la sérieuse Maiko Amamiya, (Matsu Shogo) ainsi que l'ensemble de ses collaborateurs qui regardent arriver cet énergumène d'un oeil quelque peu suspect et remplis de doutes ! Maiko Amamiya est alors désignée pour être son assistante.
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Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
Le grand avocat Shigemori est chargé de défendre Misumi, accusé de vol et d’assassinat. Ce dernier a déjà purgé une peine de prison pour meurtre 30 ans auparavant. Les chances pour Shigemori de gagner le procès semblent minces, d’autant que Misumi a avoué son crime, malgré la peine de mort qui l’attend s’il est condamné. Pourtant, au fil de l’enquête et des témoignages, Shigemori commence à douter de la culpabilité de son client.
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
Tadashi Usobuki porte un costume noir et est un tueur à gages. Personne ne connaît son passé. Il reçoit des demandes de clients qui sont remplis de désir ou de haine. Il accomplit son travail en utilisant des méthodes comme le pouvoir de suggestion qui rend les meurtres presque impossibles à retracer.
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
L'excellent avocat Mitch Brockden commet un délit de fuite mortel, mais c'est Clinton Davis qui est accusé du meurtre, après que le corps ait été retrouvé en sa possession. Sachant que Davis est innocent, Brockden fait annuler le procès. Peu de temps après, la vie parfaite de Brockden commence à s'effondrer lorsqu'il se rend compte que l'homme qu'il a fait acquitter cache un secret qui pourrait le détruire.
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.
Le célèbre détective Conan se rend sur l'île de Hachijô, où des ingénieurs du monde entier travaillent sur « La bouée du Pacifique », une installation de sécurité mondiale en mer. Pendant ce temps, il découvre que l'Organisation des Hommes en Noir a kidnappé une ingénieure et qu'une ombre menaçante plane sur son amie Ai Haibara.
Après avoir été trahie par l'homme qu'elle aimait, Matsu, surnommée Sasori, va tout faire pour s'évader de prison et assouvir sa vengeance.
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
Janvier 2118. Alors qu'elle assiste à une réunion en tant qu'inspectrice en chef du Bureau de la Sécurité Publique, Akane Tsunemori reçoit un rapport faisant état d'un incident survenu sur un navire étranger. Derrière ce fait se cachent les "Peace Breakers", un groupe qui s'attaque aux recherches du Dr Stronskaya, connues sous le nom de "Document Stronskaya". Réunie à nouveau avec Shin’ya Kôgami, un ancien membre du Bureau, Akane est confrontée à une affaire d'une ampleur inattendue. Si la vérité éclate au grand jour, elle risque d'ébranler le gouvernement japonais et le Système Sibyl.
Le détective Yoshioka enquête sur plusieurs meurtres qui semblent liés entre eux. Chaque victime est découverte noyée, le corps rempli d’eau salée, cette même eau qui menace d’engloutir des quartiers désaffectés des alentours de Tokyo au prochain tremblement de terre. Tourmenté par le stress et par la crise que traverse son couple, Yoshioka découvre sur les lieux des crimes des objets familiers qui le poussent à s’interroger sur sa propre culpabilité : se pourrait-il qu’il soit le meurtrier ?…
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
