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L'histoire se concentre exclusivement sur Utsumi Koaru, jouée par Kou Shibasaki. L'histoire se déroule avant qu'Utsumi ne parte s'entraîner dans l'Oklahoma, aux États-Unis, où elle arrête un suspect de meurtre qui insiste sur son innocence. Utsumi travaille avec sa collègue Toma pour lancer une nouvelle enquête visant à éviter une possible erreur judiciaire.
Masaharu Fukuyama reprend le rôle qu'il avait joué dans "Suspect X" en 2008, en interprétant le physicien-détective Manabu Yukawa. Le scientifique et enquêteur arrive dans une ville côtière pour participer à une conférence. Mais lorsqu'un homme est retrouvé mort à l'extérieur de l'auberge où il loge, Yukawa commence à démêler les liens qui unissent la victime à la fille activiste des aubergistes et à un garçon précoce qui apparaît pour la première fois dans un train et qui ne cesse de réapparaître. Il s'agit d'un mystère à la Sherlock Holmes avec une touche environnementale, qui devrait plaire aux amateurs de romans policiers classiques.
Le physicien Manabu Yukawa revient d'Amérique au Japon. L'inspecteur Kaoru Utsumi lui rend visite et lui parle d'une affaire. Il s'agit d'une jeune fille populaire dans une ville qui a disparu et dont le corps a été retrouvé plusieurs années plus tard. Un suspect a été arrêté pour son meurtre. Il avait déjà été arrêté pour le meurtre d'une autre fille, mais il avait été relâché faute de preuves. Il est de nouveau relâché, faute de preuves. Après être retourné dans sa ville, il est tué. Le physicien Manabu Yukawa, l'inspecteur Kaoru Utsumi et l'inspecteur Shunpei Kusanagi travaillent ensemble sur cette affaire.
Masaharu Fukuyama reprend le rôle qu'il avait joué dans "Suspect X" en 2008, en interprétant le physicien-détective Manabu Yukawa. Le scientifique et enquêteur arrive dans une ville côtière pour participer à une conférence. Mais lorsqu'un homme est retrouvé mort à l'extérieur de l'auberge où il loge, Yukawa commence à démêler les liens qui unissent la victime à la fille activiste des aubergistes et à un garçon précoce qui apparaît pour la première fois dans un train et qui ne cesse de réapparaître. Il s'agit d'un mystère à la Sherlock Holmes avec une touche environnementale, qui devrait plaire aux amateurs de romans policiers classiques.
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Tadashi Usobuki porte un costume noir et est un tueur à gages. Personne ne connaît son passé. Il reçoit des demandes de clients qui sont remplis de désir ou de haine. Il accomplit son travail en utilisant des méthodes comme le pouvoir de suggestion qui rend les meurtres presque impossibles à retracer.
Un effroyable meurtre non résolu relie trois histoires en apparence sans lien entre elles dans trois villes japonaises différentes.
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.
Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
Michiko Oshitani, qui vivait dans la préfecture de Shiga, est retrouvée morte dans un appartement à Tokyo. Elle a été étranglée. Mutsuo Koshikawa est le propriétaire de l'appartement et il est porté disparu. Les détectives, y compris Yuhei Matsumiya, qui est un cousin du détective Kyoichiro Kaga, ont des difficultés à résoudre le cas. Ils ne trouvent pas de lien entre Michiko Oshitani et Mutsuo Koshikawa. Ils apprennent bientôt que Michiko Oshitani est venue à Tokyo pour rendre visite à Hiromi Asai. Ils sont diplômés de la même école, mais il n'y a pas de lien entre Hiromi Asai et Mutsuo Koshikawa. Mais L'inspecteur Yuhei Matsumiya trouve quelque chose près du corps de Michiko Oshitani…
Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?
L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
