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Une journaliste intrépide fait équipe avec un diacre en deuil pour dispenser une justice impitoyable dans les rues de Lagos.

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth

L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.

L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?

Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...

Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.

Ancien boxeur, Thug travaille depuis plus de trente ans comme homme de main pour un bandit de Boston et s'occupe notamment de la perception de dettes auprès de ses clients. Une consultation chez un médecin spécialiste lui révèle qu'il souffre d'encéphalopathie traumatique chronique. Se sentant impuissant devant sa mémoire qui décline, il cherche à reprendre contact avec ses enfants, dont sa fille Daisy, jeune mère de famille monoparentale, qui se montre réticente à renouer avec ce père absent.

C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur Ayonagi et Sugo, découvre la vérité derrière cette affaire.

A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.

Jennifer et Danielle sont toujours aussi passionnées par leur métier et continuent de dénicher des petits trésors dans les vide-greniers ou les brocantes. Ayant dernièrement fait l'acquisition d'un lot lors d'une vente aux enchères, elles décident de louer un garde-meubles et s'adressent à Martin, le gérant d'une société de stockage. Mais quelques jours plus tard, celui-ci est retrouvé mort. Le lieutenant Frank Lynwood est appelé sur les lieux et Jennifer, avec son flair habituel, va lui être d'un grand secours

Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.

Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. Le chauffeur est identifié comme étant Izumi Yasaka, un conseiller psychologique de Sanctuary, un centre d’isolement criminel latent situé dans la préfecture d’Aomori. Mais juste avant son interrogatoire, l’enquêteur Mika Shimotsuki et l’inspecteur Nobuchika Ginoza sont chargés d’escorter rapidement Yasaka à Aomori…

Michael, un jeune voleur de voitures, est recruté par la police pour infiltrer un gang de trafiquants de véhicules de luxe vers l’Afrique, mené par les cruels Charlie et Sammy. Malgré la confiance de Charlie et l’affection d’Anna, la compagne de celui-ci, Michael tutoie la mort à chaque instant, quand ce n’est pas au volant d’un bolide. Jusqu’où pourra-t-il mener ce double jeu dangereux ?

Aux funérailles de son ami Harry, Ira Wells, un détective privé grincheux approchant la retraite est sollicité par une excentrique qui veut retrouver son chat enlevé. Il s'associe avec elle dans le but d'attraper les malfrats qui ont tué son partenaire.

L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

Après la guerre, un prêteur sur gages est assassiné à Hokkaido avec toute sa famille. Un des coupables échappe à la police.

L’ancien criminel Jacob Sternwood doit quitter sa planque en Islande et revenir à Londres pour aider son fils impliqué dans un casse qui a mal tourné. Un retour au pays qui donne une chance à l’inspecteur Max Lewinsky d’attraper enfin l’homme qu’il n’a cessé de poursuivre depuis trois ans. L’un face à l’autre, c’est une véritable conspiration qu’ils vont mettre à jour et qu’ensemble ils vont devoir déjouer pour rester en vie…