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À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Japon 1860. Les samouraïs savent que leur caste va bientôt disparaître. Certains, comme Shimada, se concentrent sur l'enseignement de la "voie du sabre". D'autres intriguent entre partisans de l'Empereur et nostalgiques du Shogun. Les autres se replient sur eux-mêmes, refusant la réalité, et se réfugient dans l'ultra-violence, le nihilisme absolu. C'est le cas du maître dévoyé Ryunosuke Tsukue. Sa botte secrète, la garde "Silence et Regard calme", le transforme en sabreur invincible. Tsukue assassine froidement le grand-père de la douce Omatsu. Lorsqu'il donne son accord pour un match d'exhibition dans son ancienne école d'escrime, la femme de son adversaire, connaissant sa réputation de guerrier imbattable et sanguinaire, le supplie de perdre délibérément le combat, offrant sa vertu en compensation. Ryunosuke accepte son offre mais tue le mari pendant le match…

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.

Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.

Un groupe d'assassins se réunit pour une mission suicide dans le but de tuer un seigneur cruel.

En 1860, Niino, un samouraï sans maître, aspire à la gloire, mais, né de père inconnu, il ne peut justifier d'une lignée favorable. Il tente de parvenir à ses fins en se mettant au service d'un clan et de ses alliés, mais ces derniers ambitionnent de tuer un haut dignitaire du Shogunat pour régner à sa place…

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Kyoto, au printemps 1865. Sozaburo et Hyozo viennent tous deux d'être embrigadés, au temple Nishi-Honganji, dans une prestigieuse milice composée exclusivement de samouraïs. Sozaburo, par son aspect androgyne, trouble tous les soldats, suscitant bien des convoitises. Bien que rien dans la milice n'interdise les amours entre hommes, certains d'entre eux le désirent en secret, même si Sozaburo clame haut et fort qu'il n'aime pas les garçons. Lorsqu'on retrouve le corps sans vie d'un soldat, c'est Sozaburo qui est chargé d'exécuter le principal suspect, qui n'est autre que Hyozo, soupçonné d'avoir tué par jalousie…

Au XVIIe siècle, Sasahara, samouraï d’un fief vassal du shogun va bientôt prendre sa retraite et confier le rôle de chef de famille à son fils aîné. Féru d’arts martiaux, il a eu deux grandes frustrations dans sa vie : il est guerrier dans l'âme, mais a vécu dans un monde en paix ; et il est dominé par une femme à poigne, issue d’une famille socialement plus élevée que la sienne, qui lui a toujours reproché son manque d’ambition. Alors qu’il s’apprête à ranger définitivement son sabre, sa famille va être mêlée aux intrigues de la cour avant d’être injustement sacrifiée aux intérêts du clan. Sûr de son bon droit, le vieux guerrier sans gloire va choisir la révolte et faire trembler le clan tout entier…

Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément.

Takezo, rebaptisé Musashi Miyamoto, est devenu un samouraï hors pair. Depuis des années, il parcourt le pays au gré de ses affrontements dont il sort toujours vainqueur. Le voici désormais à Kyoto pour combattre maître Yoshioka. Dans la grande ville, il retrouve ses deux soupirantes : la vertueuse Otsu, ancienne fiancée de Matahachi, et la jeune Akemi, également courtisée par Yoshioka. Alors que l’affrontement entre les deux hommes est sans cesse repoussé, la violence autour de Musashi ne fait que croître...

Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli…

Ancien samouraï, Yanagida mène une vie modeste avec sa fille à Edo et dédie ses journées au jeu de go avec une dignité qui force le respect. Quand son honneur est bafoué par des accusations calomnieuses, il décide d’utiliser ses talents de stratège pour mener combat et obtenir réparation…

Au milieu du XIXe siècle, un rônin s’entraîne tous les jours afin de préserver ses talents de sabreur. Un jour, on lui propose de rejoindre un groupe de mercenaires en mission secrète vers la capitale… Par le réalisateur de Tetsuo : The Iron Man et de Fires on the Plain.

L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.

Au cours d'une promenade dans Yokohama, Kenshin, Sanosuke, Kaoru et Yahiko assistent à une confrontation entre des marchands soûls et une jeune femme. Un samouraï, Takimi Shigure, s'interpose et vient rapidement à bout des marchands. Lui et Kenshin se lient d'amitié, mais Kenshin découvre que Takimi essaye de fomenter une révolution contre le gouvernement Meiji…

Le 21 octobre 1600, la bataille de Sekigahara marque la fin de l'ère Sengoku. Elle a lieu entre l'armée occidentale, dirigée par Mitsunari Ishida, et l'armée de l'Est, menée par Ieyasu Tokugawa. Ce dernier tente avec avidité de garder la main sur la nation. Bien que plus nombreuse, l'armée de l'Ouest subit des pertes sur le champ de bataille. Hatsume a été envoyée pour espionner Mitsunari Ishida mais tombe amoureuse de lui.

Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant...

Le puissant seigneur Yagyu est prêt à tous les sacrifices pour maintenir au pouvoir le shogun que l'on veut évincer pour raisons de santé; même à faire assassiner son propre fils.