À la veille du débarquement en Normandie, le major John Reiman est chargé d'entraîner une douzaine de prisonniers militaires condamnés à des peines capitales. En échange de leur liberté, ces hommes devront accomplir une mission périlleuse : investir les quartiers généraux nazis en France et tout détruire. Après un entraînement digne d'un commando, les "Douze Salopards" sont fins prêts, au risque de perdre leur vie au combat.

Le major Wright dirige une nouvelle bande de « douze salopards » pour détruire une usine de gaz allemande qui pourrait servir contre les Alliés.

Vers la fin de la Seconde Guerre Mondiale, Hitler décide d'envoyer des chefs militaires, politiques et scientifiques, en Turquie afin d'y établir un Quatrième Reich. Afin de se rendre sur place, ces hauts responsables montent à bord de l'Orient-Express. Pour contrer ce plan, le major Wright et ses douze salopards décident d'attaquer le train, loin de se douter qu'une horde de redoutables SS protègent le convoi.