L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».
Les neuf cyborgs qui composaient autrefois l'équipe du Dr. Gilmore ont été séparés et suivent désormais des voies différentes. En particulier, le Cyborg 009 (Joe) a vu sa mémoire effacée et tente de vivre une vie normale à Tokyo.Mais une vague d'attentats terroristes visant la planète entière force la réunion des cyborgs pour contrer cette nouvelle menace. Joe et les autres devront reprendre leurs tenues de justiciers pour révéler une conspiration aux enjeux ésotériques...
Trois journalistes enquêtent sur le mystérieux auteur d'une petite annonce qui cherche un compagnon pour voyager dans le temps.
Ichiro Inuyashiki est un vieil homme épuisé psychologiquement, qui est méprisé par sa femme, ses enfants et même par ses collègues de bureau. Il n’a pour seule amie que sa chienne, Hanako. Une nuit, des extraterrestres le transforment en cyborg surpuissant. Totalement libre de faire ce qu’il veut de ses nouveaux pouvoirs, le meilleur comme le pire. Et il n’est pas le seul humain dans ce cas. À nouveau corps, nouvelles responsabilités : devenir un héros ou le pire cauchemar de l’humanité ?
Alors qu'une future guerre entre la race humaine et l'intelligence artificielle fait rage, l'ancien agent des forces spéciales Joshua est recruté pour traquer et tuer le Créateur, l'insaisissable architecte de l'IA avancée.
Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l’humanité.
Au XXVIème siècle, lorsqu’Alita se réveille sans aucun souvenir de qui elle est, dans un futur qu’elle ne reconnaît pas, elle est accueillie par Ido, un médecin qui comprend que derrière ce corps de cyborg abandonné, se cache une jeune femme au passé extraordinaire. Ce n’est que lorsque les forces dangereuses et corrompues qui gèrent la ville d’Iron City se lancent à sa poursuite qu’Alita découvre la clé de son passé, elle a des capacités de combat uniques, que ceux qui détiennent le pouvoir veulent absolument maîtriser. Si elle réussit à leur échapper, elle pourrait sauver ses amis, sa famille, et le monde qu’elle a appris à aimer.
À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.
2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.
Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des individus qui ne se connaissent pas œuvrent dans un but commun. L’équipe est à son (cyber) corps défendant chaperonnée par Kazundo Gôda, un homme d’influence dont le visage à moitié défigurée inspire la terreur. Quelles sont les réelles motivations de cet énigmatique individu qui sous couvert de solutionner une situation de crise semble la tirer volontairement vers le chaos général ?...
Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?
Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde.
Dans un futur indéterminé, une nouvelle unité de police, les Patlabor, utilise des robots géants pour faire régner l'ordre. Mais des pannes inexpliquées perturbent les machines.
Dans un futur lointain où la Terre a été ravagée, la race humaine vit dans un monde cybernétique où seule leur conscience existe. Accompagnée de sa combinaison mécanique lui offrant une force accrue, Angela est une enquêtrice vivant dans le monde cybernétique qui va aller sur Terre et découvrir la seule règle qui régit sur cette planète, la survie !
Koyomi et Shiori se rencontrent à l’institut de recherche en sciences spéculatives, où travaillent leurs parents. Quand ces derniers leur apprennent qu’ils veulent se marier, ils se rendent dans un monde parallèle pour échapper à cette réalité. Mais les conséquences de ce transfert leur échappent rapidement…
Après la 3ème guerre mondiale, certains gouvernements décidèrent de construire Olympus, une cité utopique administrée par des bioroïds. Mais des criminels décident de détruire Gaia, l'ordinateur central, afin de libérer ce monde qu'ils jugent trop contrôlé. Les membres de l'ESWAT Deunan Knute et Briareos Hecatonchires parviendront-ils à les arrêter avant qu'ils ne ruinent ce nouveau paradis ?
Alors qu'il s'apprête à épouser Patty, Jim est enlevé par ses amis masqués lors d'une réception en l'honneur des futurs mariés. Après cette mauvaise blague, Jim est ramené chez lui. À son réveil, il découvre dans sa piscine, stupéfié, un ange d'une beauté divine...
Misuzu Moritani, une lycéenne, a le pouvoir d'arrêter le temps trois minutes par jour. Un jour, elle profite de son pouvoir pour relever la jupe de sa camarade Haruka Murakami... mais pour une raison mystérieuse, son pouvoir ne fonctionne pas sur elle.
Arrivé à un âge avancé, Koyomi reçoit sur son terminal un rappel pour un rendez-vous au carrefour de l’avenue Showa. Il y rencontre le fantôme d’une jeune fille. Aurait-il fait un transfert temporel ? Un voyage à travers le temps et les mondes parallèles débute alors pour percer les mystères de son existence et de sa relation avec celle qui partage sa vie.
La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.
