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Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...

L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable..

Un détective privé est engagé pour retrouver la piste d'un pirate informatique connu sous le pseudo de Trinity. Mais au cours de son enquête, il découvre qu'il n'est pas le premier sur le coup.

Année 2808… Trois condamnés à perpétuité sont recrutés en tant que membres de la Cyber Police pour faire reculer l'activité criminelle à Oedo (ancien Tokyo). n retour et pour chaque mission accomplie, ils gagneront une réduction de peine de quelques années. Toutefois, afin de s'assurer que ces condamnés fassent le travail correctement, la police spéciale a placé des colliers autour de leur cou. Et s'ils tentent de l'enlever ou ne respectent pas les délais pour finir une mission, le collier s'autodétruit.

Quatre ans après la mort de Shogo Makishima et la disparition de Shinya Kogami, le gouvernement japonais commence à exporter la technologie du « Système Sibylle » vers d'autres pays, la déployant dans le monde entier. Un état au milieu d'une guerre civile, SEAUn (the South East Asia Union, prononcé « Shian »), apporte le système Sibylle comme une expérience, et la ville côtière de Shambala Float atteint une paix et une sécurité temporaire. C’est alors que des terroristes de SEAUn apparaissent au Japon, se glissant à travers le système Sibylle et l'attaquant de l'intérieur, menant Akane Tsunemori et son équipe à Shambala Float (basé au Cambodge) pour enquêter.

L’histoire met en scène une prostituée qui est brûlée vive par un de ses clients. Grâce à la science, elle est ressuscitée et sa seule rédemption se trouve dans la mort de son bourreau. Cela l’amène à s’en prendre à une organisation criminelle particulièrement puissante qui veulent sa mort également.

L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

Lorsque deux androïdes de combat défectueux sont accidentellement lâchés lors d'une mission "Terminate at All Costs" contre la petite-fille insoupçonnée de leur créateur, une ville entière devient le champ de bataille et même l'armée ne peut les arrêter ! Le seul espoir de la fille : Sybil, une journaliste indépendante qui cherche à obtenir le scoop de sa vie, si elle peut, d'une façon ou d'une autre, garder elle-même et son sujet en vie assez longtemps pour déposer un rapport. Mais d'abord, elle doit se rappeler de s'habiller !

Ghost in the Shell : Arise est un ensemble de 4 films qui racontent l'histoire de Mokoto Kusanagi et de comment elle a rejoint la section 9. On la découvre plus jeune, depuis sa précédente occupation jusqu'au recrutement de l'ensemble des membres de son équipe. Celui ci est la suite directe de Ghost in the Shell: Arise - Border

Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.

« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg. Mise au point par le docteur Easter, cette technique de cybernétique, normalement interdite, a été autorisée par un amendement spécial : le “Mardock Scramble 09”. En échange de cette seconde chance, la jeune cyborg va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…

À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 2ème partie.

Dans un futur indéterminé, une nouvelle unité de police, les Patlabor, utilise des robots géants pour faire régner l'ordre. Mais des pannes inexpliquées perturbent les machines.

À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 1ère partie.

Yoko a perdu son chat. Alors qu'elle interroge les gens du quartier, un groupe d'enfant insolents lui disent qu'ils ont vu son chat se diriger vers « la maison hantée ». Prête à tout pour récupérer son chat, Yoko suit les enfants jusque dans une vieille bâtisse en ruines où elle observe d'étranges phénomènes.

Les derniers éléments du puzzle se mettent en place, les derniers acteurs encore en place se rapprochent de la scène finale pendant que certains font un come-back inattendu. Alors que le Roi d'Eden est cerné de toutes parts, il se trouve des alliés objectifs qu'on ne soupçonnait pas. Qui est Mr Outside ? Où est Juiz ? Quel est le sens de la Seleçao ? La révolution des NEET est-elle en marche ? Alors que Saki courre toujours après Takizawa, les membres du club Eden se serrent les coudes dans cette course finale qui réserve encore bien des surprises.

La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".

Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?