L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Un Néerlandais auteur de romans policiers, Leyden, enquête sur la vie d'un individu aux multiples facettes, espion, escroc et criminel international, Dimitrios, qui vient de disparaître. Il rencontre des gens l'ayant connu qui évoquent sa carrière mouvementée. Une des victimes de Dimitrios, Peters, révèle à Leyden que Dimitrios a mis en scène sa mort pour vivre tranquille. Peters se sert de Leyden pour faire chanter Dimitrios, lequel tente d'assassiner ses adversaires. Dimitrios et Peters s'entretuent.
Nancy Drew est une lycéenne intelligence qui possède toutes les qualités requises pour devenir une excellente détective ; un sens de l'observation et du flair. Accompagnée par George et Bess, ses meilleures amies, Nancy tombe sur une maison hantée. Elle décide de résoudre le mystère qui entoure ce lieu...
Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
C'est la révolution chez Mitch & Murray, importante société immobilière quand un cadre supérieur, anonyme et insultant, vient annoncer aux vendeurs une importante restructuration des effectifs. Les meilleurs resteront et se verront confier la commercialisation d'un lot de terrains particulièrement convoités, les autres seront purement et simplement virés. Alors commence une guerre à outrance parmi les vendeurs qui veulent tous conserver leurs places.
Andrew et Garrett Foster sont spécialisés dans le vol de bolides d’exception. Seulement le très haut de gamme. Engagés pour dérober une magnifique Bugatti 1937, ils réalisent un coup d’une audace inégalée, aussi magistral que malheureux : on ne vole pas impunément Morier, mafieux notoire en proie à une rivalité sans merci avec Max Klemp, star montante de la mafia allemande qui a choisi de s’implanter sur la Riviera. Andrew et Garrett n’ont pas le choix, d’autant plus que Morier a vite fait de repérer Stéphanie, l’irrésistible et incandescente fiancée d’Andrew, qui ne rêve que d’aventure et d’action. Ils acceptent le marché de Morier : la vie sauve contre la Ferrari 250 GT 1962 de Max Klemp, le Graal des voitures de collection, l’orgueil de Klemp, que Morier convoite au-delà de tout. Mais les frères Foster ont plus d’un tour dans leur sac...
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Carl Verloc, un homme en apparence tranquille, propriétaire d'un cinéma londonien, vit avec sa femme Sylvia et le frère de celle-ci, un enfant nommé Steve. Carl, qui cache des activités terroristes, provoque une panne d'électricité dans la ville, mais celle-ci ne provoque pas la panique escomptée. Il demande ensuite au jeune Steve de transporter une bombe.
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
La judokate iranienne Leila et son entraîneuse Maryam se rendent aux Championnats du monde de judo avec l'intention de ramener sa première médaille d'or à l'Iran. Mais au cours de la compétition, elles reçoivent un ultimatum de la République islamique ordonnant à Leila de simuler une blessure et d’abandonner pour éviter une possible confrontation avec l’athlète israélienne. Sa liberté et celle de sa famille étant en jeu, Leila se retrouve face à un choix impossible : se plier au régime iranien, comme l'implore son entraîneuse, ou se battre pour réaliser son rêve.
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Jennifer est passionnée par les vide-greniers. C'est une as pour dénicher les bonnes affaires et les objets de valeur. Un jour, elle organise elle-même un événement qui se déroule parfaitement jusqu'à ce que l'une de ses amies soit retrouvée morte... Choquée, elle est persuadée que l'assassinat est lié avec le vide-grenier. Elle parvient ainsi à convaincre le lieutenant Iverson d'orienter ses recherches dans cette direction.
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
L'aéroport international de Lincoln est pris dans une violente tempête de neige. Son directeur, Mel Bakersfeld, ne sait plus où donner de la tête. Les bourrasques empêchent un appareil de décoller et la neige bloque la piste principale. Au téléphone, Mel annonce une fois de plus à son épouse qu'elle devra se rendre seule à une soirée prévue de longue date. Pendant ce temps, le beau-frère de Mel, Vernon Demerest, un pilote, apprend au moment d'embarquer pour Rome que sa maîtresse est enceinte. Pour couronner le tout, un psychopathe, installé dans le Boeing de Vernon, menace de faire exploser l'appareil pour que sa femme touche sa prime d'assurance-vie. Mel est alerté aussitôt...
Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?
Colter Stevens se réveille en sursaut dans un train à destination de Chicago. Amnésique, il n’a aucun souvenir d’être monté dedans. Pire encore, les passagers du train se comportent avec lui avec familiarité alors qu’il ne les a jamais vus. Désorienté, il cherche à comprendre ce qui se passe mais une bombe explose tuant tout le monde à bord. Colter se réveille alors dans un caisson étrange et découvre qu’il participe à un procédé expérimental permettant de se projeter dans le corps d’une personne et de revivre les 8 dernières minutes de sa vie. Sa mission: revivre sans cesse les quelques minutes précédant l’explosion afin d’identifier et d’arrêter les auteurs de l’attentat. À chaque échec, les chances de pouvoir revenir dans le passé s’amenuisent...
À Yokohama, un malfaiteur kidnappe un enfant, qu'il prend pour le fils d'un industriel japonais. Il s'agit en fait du fils de son chauffeur. Le commissaire Tokura est chargé de l'affaire.
L'agent Charles Dodds enquête sur Samuel Fennan, soupçonné de sympathie envers le régime communiste. Après un interrogatoire où Fennan dément toute implication envers le communisme, il est retrouvé mort. L'agent Dodds va devoir prouver qu'il s'agit d'un meurtre…
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