L'histoire du film se déroule après les événements de la série animée. Après l'affrontement entre Reisi, Mikoto et Shirô, le Roi Argenté a disparu sans laisser de trace. Toutefois, il a la réputation d'être un Roi immortel. Kuroh et Neko cherchent donc à savoir si l'homme a qui ils ont prêtés allégeance est réellement mort ou non. Toutefois, ils sont interrompu dans leur recherche par deux membres d'HOMRA poursuivit par une mystérieuse personne.
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.
Peu de temps après le dénouement de l'affaire du Cirque, les majordomes de la Reine font intrusion dans le manoir de Phantomhive. Un drame se produit pendant le banquet organisé un soir de tempête. Le rideau écarlate retombe sur la silhouette du majordome, qui ferme les yeux, pressentant le sort qui l'attend...
L'équipe n° 7 (Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiwa et Sakura Haruno) est investie d'une mission de rang C : escorter Shibuki, le chef du village caché de Taki du Pays de la Cascade, lors de son voyage de retour vers son pays. La mission se déroule sans problèmes, mais une fois arrivés au village, ils rencontrent des renégats dont le but est de s'emparer de « l'eau des héros », eau magique délivrant une puissance extraordinaire à celui qui la boit (non sans effets secondaires). Le jeune chef de Taki va devoir trouver en lui la force et la confiance nécessaire pour repousser l'envahisseur. Sasuke et Naruto seront là pour l'aider…
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Tellement timide qu'il n'ose pas dire non, un ado se voit embarqué dans un voyage mystique au cœur de neiges estivales par une jeune fille têtue à la recherche de sa mère disparue.
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Tous les cinquante ans, émerge de la brune une île mystérieuse au large de la mer. Cette île est habitée par des enfants hanyo qui sont retenus par la Cicatrice Écarlate. L'un des enfants, une petite fille, qui n'a pas encore reçu cette marque, a pu s'enfuir. Mais cette enfant est attaquée par un youkai ; c'est alors que la « bande » d'InuYasha la sauve. Leur présence était due au flair d'InuYasha. En effet, ce dernier avait senti l'odeur du youkai, qui lui avait infligé cinquante ans auparavant la cicatrice écarlate, et il comptait se venger. InuYasha et les autres se rendent alors sur cette île ; leur combat ne fait que commencer…
Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses.
Un long moment s'est écoulé depuis la fin d'une guerre massive entre les humains et les monstres. Les humains sont parvenus à utiliser l'AER, une énergie fondamentale issue de la terre, cristallisée dans des noyaux. Ces noyaux sont utilisés comme source d'énergie du Blastia, un art magique qui permet aux humains de s'assurer leur survie. Cependant, malgré la fin de la guerre, les monstres continuent leurs attaques et le village de Shizontania observe une recrudescence de ces raids. Bien qu'il soit protégé par une barrière magique et par des chevaliers, les attaques des monstres font toujours des victimes. Les chevaliers Flynn Scifo et Yuri Lowell, deux amis d'enfance, reçoivent pour mission d'enquêter sur l'étrange effusion d'AER dans la zone concernée...
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Alors que les 5 espionnes réussissent brillamment une nouvelle mission, elles sont de plus en plus suspectes aux yeux de Central, qui décide de faire surveiller le groupe.
Imaginez un monde où l'homme aurait perdu toute faculté de parler, de penser et de mémoriser, ne pouvant plus évoluer ou apprendre. Un monde où toutes les connaissances auraient été effacées. Quand le vent de l'amnésie a soufflé, la race humaine a été réduite à l'état primitif et avec lui toute civilisation a été anéantie. Au milieu de ce chaos, subsiste un esprit: un des survivants ayant conservé sa mémoire, un garçon nommé Wataru, parcourt la terre sauvage de l'Amérique à la recherche de réponses. S'il veut parvenir à sauver les hommes, il doit découvrir la nature et la raison de ce chaos. Mais pour cela, il doit rester en vie dans un monde devenu hostile et échapper à la machine meurtrière qui le poursuit. Si les hommes sont a l'origine de ce cataclysme, comment Wataru peut-il empêcher qu'il se reproduise à l'avenir?
Kosuke et Natsume ont grandi dans le même immeuble et sont amis d'enfance. Un jour d'été, les deux collégiens découvrent un bâtiment sur le point d'être démoli, et se retrouvent soudain en proie à un étrange phénomène, entourés d'un vaste océan à perte de vue ! Pourront-ils rentrer chez eux ? Leur voyage d'adieu commence…
