L'histoire du film se déroule après les événements de la série animée. Après l'affrontement entre Reisi, Mikoto et Shirô, le Roi Argenté a disparu sans laisser de trace. Toutefois, il a la réputation d'être un Roi immortel. Kuroh et Neko cherchent donc à savoir si l'homme a qui ils ont prêtés allégeance est réellement mort ou non. Toutefois, ils sont interrompu dans leur recherche par deux membres d'HOMRA poursuivit par une mystérieuse personne.
Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.
Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.
Peu de temps après le dénouement de l'affaire du Cirque, les majordomes de la Reine font intrusion dans le manoir de Phantomhive. Un drame se produit pendant le banquet organisé un soir de tempête. Le rideau écarlate retombe sur la silhouette du majordome, qui ferme les yeux, pressentant le sort qui l'attend...
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.
Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.
L'équipe n° 7 (Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiwa et Sakura Haruno) est investie d'une mission de rang C : escorter Shibuki, le chef du village caché de Taki du Pays de la Cascade, lors de son voyage de retour vers son pays. La mission se déroule sans problèmes, mais une fois arrivés au village, ils rencontrent des renégats dont le but est de s'emparer de « l'eau des héros », eau magique délivrant une puissance extraordinaire à celui qui la boit (non sans effets secondaires). Le jeune chef de Taki va devoir trouver en lui la force et la confiance nécessaire pour repousser l'envahisseur. Sasuke et Naruto seront là pour l'aider…
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko dont le père a participé à l'élaboration du jeu est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. A la grande surprise de Conan, les détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tout les enfant sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan.
Tous les cinquante ans, émerge de la brune une île mystérieuse au large de la mer. Cette île est habitée par des enfants hanyo qui sont retenus par la Cicatrice Écarlate. L'un des enfants, une petite fille, qui n'a pas encore reçu cette marque, a pu s'enfuir. Mais cette enfant est attaquée par un youkai ; c'est alors que la « bande » d'InuYasha la sauve. Leur présence était due au flair d'InuYasha. En effet, ce dernier avait senti l'odeur du youkai, qui lui avait infligé cinquante ans auparavant la cicatrice écarlate, et il comptait se venger. InuYasha et les autres se rendent alors sur cette île ; leur combat ne fait que commencer…
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses.
Alors que Luffy et son équipage tentent d'échapper aux Marines, ils arrivent sur l'île d'Hannabal. Dans un bar ils apprennent qu'une course "underground" appelée hullabaloo est organisée et que le vainqueur empochera la somme de 300 000 000 bellis. Nami par sa soif de l'argent ordonne à Luffy de participer à cette course où tous les coups sont permit, le but étant de la terminer. Mais un ancien marine participe également à cette course et est donné comme étant le favoris : Gasparde. Son but est d'éliminer tous les concurrents et Luffy et sa bande devront lui faire face...
Un long moment s'est écoulé depuis la fin d'une guerre massive entre les humains et les monstres. Les humains sont parvenus à utiliser l'AER, une énergie fondamentale issue de la terre, cristallisée dans des noyaux. Ces noyaux sont utilisés comme source d'énergie du Blastia, un art magique qui permet aux humains de s'assurer leur survie. Cependant, malgré la fin de la guerre, les monstres continuent leurs attaques et le village de Shizontania observe une recrudescence de ces raids. Bien qu'il soit protégé par une barrière magique et par des chevaliers, les attaques des monstres font toujours des victimes. Les chevaliers Flynn Scifo et Yuri Lowell, deux amis d'enfance, reçoivent pour mission d'enquêter sur l'étrange effusion d'AER dans la zone concernée...
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Imaginez un monde où l'homme aurait perdu toute faculté de parler, de penser et de mémoriser, ne pouvant plus évoluer ou apprendre. Un monde où toutes les connaissances auraient été effacées. Quand le vent de l'amnésie a soufflé, la race humaine a été réduite à l'état primitif et avec lui toute civilisation a été anéantie. Au milieu de ce chaos, subsiste un esprit: un des survivants ayant conservé sa mémoire, un garçon nommé Wataru, parcourt la terre sauvage de l'Amérique à la recherche de réponses. S'il veut parvenir à sauver les hommes, il doit découvrir la nature et la raison de ce chaos. Mais pour cela, il doit rester en vie dans un monde devenu hostile et échapper à la machine meurtrière qui le poursuit. Si les hommes sont a l'origine de ce cataclysme, comment Wataru peut-il empêcher qu'il se reproduise à l'avenir?
Kosuke et Natsume ont grandi dans le même immeuble et sont amis d'enfance. Un jour d'été, les deux collégiens découvrent un bâtiment sur le point d'être démoli, et se retrouvent soudain en proie à un étrange phénomène, entourés d'un vaste océan à perte de vue ! Pourront-ils rentrer chez eux ? Leur voyage d'adieu commence…
