Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
En octobre 1963, la police découvre les cadavres de deux collecteurs de taxes dans la campagne. Le suspect est l’un de leurs collègues : Iwao Enokizu, un escroc plusieurs fois condamné. Réfugié dans une auberge d’Hamatsu, Enokizu se fait passer pour un professeur d’université et poursuit ses méfaits alors que son portrait est affiché dans tout le Japon. Le film retrace les 78 jours qui séparent le premier crime de la capture d'Iwao par la police.
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Dans le Japon d'après-guerre, un policier se fait subtiliser son arme. Son supérieur refuse sa démission et l'envoie à la poursuite du malfaiteur. Il mène son enquête dans les bas-fonds de Tokyo, où il côtoie la misère d'une population qui survit difficilement à la défaite de son pays.
Misaki Amemiya est une inspectrice adjointe du Bureau de la sécurité communautaire du Département de la police métropolitaine qui est prise au piège alors qu'elle enquêtait sur un mystérieux site web de vidéos SM illégales appelé "Babylon" dans lequel travaille sa soeur, Shizuko qu'elle laisse s'enfuir...
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Retraité à St. Mary Mead le colonel Prothero y vit avec sa jeune épouse. Son caractère emporté le rend impopulaire dans le village. Il est retrouvé un pistolet dans la main droite et une balle dans la tête dans le bureau du pasteur alors qu'il avait annoncé vouloir vérifier la régularité des comptes de l'église. Miss Marple mène alors son enquête.
Yagami Light, étudiant japonais surdoué, use d'un carnet appelé Death Note afin d'appliquer sa vision de la justice sous le nom de Kira. Sous les yeux amusés de son Shinigami Ryûk, le jeune homme utilise sa petite amie Misa Amane, son Shinigami Rem ou tout autre personne qu'il juge utile tels de pions sur un jeu d'échec afin de se débarrasser de celui qui a jurer d'avoir sa peau : L, un détective mondialement connu. Mais, bien qu'ayant triomphé de ce valeureux adversaire et à l'aube de devenir le dieux d'un monde qu'il s'apprête à créer, Yagami voit se dresser devant lui une nouvelle menace : Mello et Near se disputent en effet le droit à la succession de L…
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
À Tokyo, durant l’ère Meiji, Ocho est une joueuse et une pickpocket. Aidée par un aventurier solitaire, elle enquête sur un gang usant de prostituées pour passer de l’héroïne en contrebande de Chine…
À Johannesburg, en Afrique du Sud, Jodie Snyman enquête sur une série de meurtres impliquant des hommes du gouvernement. Durant son investigation, elle découvre alors qu'un tueur en série fait justice lui-même en éliminant un par un les hommes qui ont participé aux enlèvements, aux meurtres et aux viols de jeunes filles. A chaque fois, le meurtrier grave les initiales des disparues sur les hommes qu'il assassine.
Le corps d’un homme, Aoyagi Takeaki, est retrouvé sous une statue dans le quartier de Nihonbashi à Tokyo. Un jeune suspect : Yajima Fuyuki est immédiatement repéré à proximité, mais en essayant d’échapper aux policiers, il est renversé par une voiture et tombe dans le coma. Malgré les nombreux éléments qui l’accablent, sa petite amie Nakahara Kaori ne peut se résoudre à accepter sa culpabilité. Le détective Kaga qui travaille sur l’affaire est lui aussi perturbé par ce fait étrange.
Ancien officier de la brigade des stupéfiants, Xavier Lombard s'est exilé à Londres après la mort de sa femme et de sa fille dans un attentat à la bombe. Solitaire et désabusé, il gagne chichement sa vie comme détective privé et passe le plus clair de son temps à traquer les épouses infidèles. Carlos, un ancien collègue et ami, lui demande de retrouver son beau-frère, Leon Spitz, photographe qui opérait dans le quartier chaud de Soho. Au studio de Leon, Lombard découvre une cassette et l'adresse de la compagne du photographe, Emily, dont les Spitz ignoraient l'existence.
Le cadavre d’un homme tué par strangulation est découvert dans un terrain vague. Il a été complètement défiguré et ses doigts ne sont plus qu’un amas de cendres. L’affaire est confiée à l’inspecteur Utsumi. Aidé dans son enquête par un physicien de renom, ses soupçons se portent sur le voisin de l’ex-femme de la victime, un professeur de mathématiques considéré comme un véritable génie.
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